Лучшие практики для работы с незаваренными файлами в новой установке доморощенного

Я случайно удалил /usr/local/bin, который содержался brewмежду прочим. Я переустановил homebrew и побежал brew prune, чтобы избавиться от неработающих символических ссылок, но когда я запускаю brew doctor, я все равно получаю следующее предупреждение:

$ brew doctor
Warning: Unbrewed dylibs were found in /usr/local/lib.
If you didn't put them there on purpose they could cause problems when
building Homebrew formulae, and may need to be deleted.

Unexpected dylibs:
    /usr/local/lib/libtcl8.6.dylib
    /usr/local/lib/libtk8.6.dylib
Warning: Unbrewed header files were found in /usr/local/include.
If you didn't put them there on purpose they could cause problems when
building Homebrew formulae, and may need to be deleted.

Unexpected header files:
    /usr/local/include/fakemysql.h
    /usr/local/include/fakepq.h
    /usr/local/include/fakesql.h
    ...
Warning: Unbrewed .pc files were found in /usr/local/lib/pkgconfig.
If you didn't put them there on purpose they could cause problems when
building Homebrew formulae, and may need to be deleted.

Unexpected .pc files:
    /usr/local/lib/pkgconfig/tcl.pc
    /usr/local/lib/pkgconfig/tk.pc
Warning: Unbrewed static libraries were found in /usr/local/lib.
If you didn't put them there on purpose they could cause problems when
building Homebrew formulae, and may need to be deleted.

Unexpected static libraries:
    /usr/local/lib/libtclstub8.6.a
    /usr/local/lib/libtkstub8.6.a
Warning: You have uncommitted modifications to Homebrew
If this a surprise to you, then you should stash these modifications.
Stashing returns Homebrew to a pristine state but can be undone
should you later need to do so for some reason.
    cd /usr/local/Library && git stash && git clean -d -f

Если вы хотите увидеть полный список, проверьте здесь: http://pastie.org/9663902

Мой вопрос в том, должен ли я вручную удалить эти файлы? Согласно этому ответу , я могу просто оставить файлы (или переместить их в отдельную папку, а затем запустить, brew link <folder name>но поскольку этому ответу три года (и конкретно о двоичных файлах), я проверяю, есть ли более правильная тактика.