R блестящий сбой при загрузке примеров (__cxa_guard_acquire обнаружил взаимоблокировку) изменить стандартную библиотеку C++ по умолчанию

Question

R блестящий сбой при загрузке примеров (__cxa_guard_acquire обнаружил взаимоблокировку) изменить стандартную библиотеку C++ по умолчанию

макос
xcode
Софт
разработка
переменные окружения

Крогг01

Я хотел попробовать R Shiny , но всякий раз, когда я пробую любой из примеров, мой R падает:

> require(shiny)
Loading required package: shiny
> runExample("01_hello")
libc++abi.dylib: __cxa_guard_acquire detected deadlock
Abort trap: 6

Запустив R Gui или RStudio, я получаю больше информации (в деталях). Я заметил вызов RcppExports.cpp перед сбоем. У меня были проблемы со libc++(стандартной библиотекой LLVM C++ с C+11) по сравнению со libstdc++(стандартной библиотекой GNU C++) раньше , и учитывая, что я знаю, что для Rcpp требуется библиотека GNU, а библиотека LLVM используется по умолчанию в Xcode 5, я подозреваю, что это может иметь что-то с этим делать. Кто-нибудь знает, как бы я изменил библиотеку С++ по умолчанию, загружаемую в Mac OS X (10.9.1)? Очевидно, не для сборки - я могу переопределить это вручную в make.

Process:         R [23120]
Path:            /Applications/R.app/Contents/MacOS/R
Identifier:      org.R-project.R
Version:         R 3.0.2 GUI 1.62 Snow Leopard build (6558)
Code Type:       X86-64 (Native)
Parent Process:  launchd [250]
Responsible:     R [23120]
User ID:         501
Date/Time:       2014-02-06 14:55:39.785 +0000
OS Version:      Mac OS X 10.9.1 (13B42)
Report Version:  11
Crashed Thread:  0  Dispatch queue: com.apple.main-thread

Exception Type:  EXC_CRASH (SIGABRT)
Exception Codes: 0x0000000000000000, 0x0000000000000000

Application Specific Information:
abort() called
__cxa_guard_acquire detected deadlock

Thread 0 Crashed:: Dispatch queue: com.apple.main-thread
0   libsystem_kernel.dylib          0x00007fff9a5e4866 __pthread_kill + 10
1   libsystem_pthread.dylib         0x00007fff8e92135c pthread_kill + 92
2   libsystem_c.dylib               0x00007fff980bebba abort + 125
3   libc++abi.dylib                 0x00007fff925a1141 abort_message + 257
4   libc++abi.dylib                 0x00007fff925c428e __cxa_guard_acquire + 192
5   httpuv.so                       0x000000010860500b Rcpp::RNGScope::RNGScope() + 33 (routines.h:74)
6   httpuv.so                       0x00000001086040d6 httpuv_makeTcpServer + 54 (RcppExports.cpp:32)
7   libR.dylib                      0x00000001001831ce do_dotcall + 1230 (dotcode.c:634)
8   libR.dylib                      0x00000001001ab2ad Rf_eval + 1181 (eval.c:642)
9   libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
10  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
11  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
12  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
13  libR.dylib                      0x00000001001b7717 do_set + 343 (eval.c:1902)
14  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
15  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
16  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
17  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
18  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
19  libR.dylib                      0x00000001001b4b03 forcePromise + 147 (eval.c:464)
20  libR.dylib                      0x00000001001b5624 getvar + 452 (eval.c:3525)
21  libR.dylib                      0x00000001001ac645 bcEval + 4485 (eval.c:4378)
22  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
23  libR.dylib                      0x00000001001b4b03 forcePromise + 147 (eval.c:464)
24  libR.dylib                      0x00000001001b5624 getvar + 452 (eval.c:3525)
25  libR.dylib                      0x00000001001ac645 bcEval + 4485 (eval.c:4378)
26  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
27  libR.dylib                      0x00000001001b4b03 forcePromise + 147 (eval.c:464)
28  libR.dylib                      0x00000001001b5624 getvar + 452 (eval.c:3525)
29  libR.dylib                      0x00000001001ac645 bcEval + 4485 (eval.c:4378)
30  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
31  libR.dylib                      0x00000001001b4b03 forcePromise + 147 (eval.c:464)
32  libR.dylib                      0x00000001001b5624 getvar + 452 (eval.c:3525)
33  libR.dylib                      0x00000001001ac645 bcEval + 4485 (eval.c:4378)
34  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
35  libR.dylib                      0x00000001001b4b03 forcePromise + 147 (eval.c:464)
36  libR.dylib                      0x00000001001b5624 getvar + 452 (eval.c:3525)
37  libR.dylib                      0x00000001001ac645 bcEval + 4485 (eval.c:4378)
38  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
39  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
40  libR.dylib                      0x00000001001ad77e bcEval + 8894 (eval.c:4597)
41  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
42  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
43  libR.dylib                      0x00000001001ad77e bcEval + 8894 (eval.c:4597)
44  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
45  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
46  libR.dylib                      0x00000001001ad77e bcEval + 8894 (eval.c:4597)
47  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
48  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
49  libR.dylib                      0x00000001001ad77e bcEval + 8894 (eval.c:4597)
50  libR.dylib                      0x00000001001aaf06 Rf_eval + 246 (eval.c:545)
51  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
52  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
53  libR.dylib                      0x00000001001b7717 do_set + 343 (eval.c:1902)
54  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
55  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
56  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
57  libR.dylib                      0x00000001001baa55 do_for + 1525 (eval.c:1415)
58  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
59  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
60  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
61  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
62  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
63  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
64  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
65  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
66  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
67  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
68  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
69  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
70  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
71  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
72  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
73  libR.dylib                      0x00000001001d8b9a R_ReplDLLdo1 + 458 (main.c:363)
74  org.R-project.R                 0x000000010001f38e run_REngineRmainloop + 302
75  org.R-project.R                 0x000000010001379c -[REngine runREPL] + 124
76  org.R-project.R                 0x0000000100001b7e main + 910
77  org.R-project.R                 0x00000001000017e4 start + 52

Thread 1:
...

Thread 0 crashed with X86 Thread State (64-bit):
  rax: 0x0000000000000000  rbx: 0x00007fff7d09a310  rcx: 0x00007fff5fbf84d8  rdx: 0x0000000000000000
  rdi: 0x0000000000000707  rsi: 0x0000000000000006  rbp: 0x00007fff5fbf8500  rsp: 0x00007fff5fbf84d8
   r8: 0x00007fff925c7635   r9: 0x00007fff980e6900  r10: 0x0000000008000000  r11: 0x0000000000000206
  r12: 0x00007fff5fbf8660  r13: 0x0000000107d76548  r14: 0x0000000000000006  r15: 0x00007fff5fbf8540
  rip: 0x00007fff9a5e4866  rfl: 0x0000000000000206  cr2: 0x0000000100333fd4

Logical CPU:     0
Error Code:      0x02000148
Trap Number:     133

троян

Если вы скомпилируете/слинкуете для одного из них, lib{std}c++вы сможете загрузить только его. Символы разные, не говоря уже о том, что .dylibs имеют разные имена. Переопределение во время сборки - это путь.

Крогг01

Спасибо за быстрый ответ. Сборка и компиляция не являются проблемой; проблема в том, что сторонние установленные приложения (например, Shiny) сразу же переходят к библиотеке LLVM, тогда как им нужно переходить к библиотеке GNU. Есть ли параметр, который я могу где-то изменить, чтобы любой уже скомпилированный исполняемый файл использовался для библиотеки GNU вместо LLVM? Я относительно новичок в мире яблок, так что извините, если это звучит как нелепый вопрос.

троян

Нет. Я не знаю архитектуры R Shiny, но если она основана на dlopen()a .dylib, то я почти уверен, что обе стороны должны будут использовать одну и ту же библиотеку C++, особенно если они передают стандартные объекты C++ через эту границу.

мммммм

Часто задаваемые вопросы по rcpp предполагают, что он должен быть скомпилирован из исходного кода - вы это сделали - я предполагаю, что если это связано с clang и т. д., некоторые проблемы должны исчезнуть.

Крогг01

Хорошая идея - я попробую это и заставлю использовать libstdc++ оттуда. Тем не менее, никаких гарантий нет, Shiny может явно загрузить libc++.

Ответы (2)

R блестящий сбой при загрузке примеров (__cxa_guard_acquire обнаружил взаимоблокировку) изменить стандартную библиотеку C++ по умолчанию

Если вы скомпилируете/слинкуете для одного из них, lib{std}c++вы сможете загрузить только его. Символы разные, не говоря уже о том, что .dylibs имеют разные имена. Переопределение во время сборки - это путь.
Спасибо за быстрый ответ. Сборка и компиляция не являются проблемой; проблема в том, что сторонние установленные приложения (например, Shiny) сразу же переходят к библиотеке LLVM, тогда как им нужно переходить к библиотеке GNU. Есть ли параметр, который я могу где-то изменить, чтобы любой уже скомпилированный исполняемый файл использовался для библиотеки GNU вместо LLVM? Я относительно новичок в мире яблок, так что извините, если это звучит как нелепый вопрос.
Нет. Я не знаю архитектуры R Shiny, но если она основана на dlopen()a .dylib, то я почти уверен, что обе стороны должны будут использовать одну и ту же библиотеку C++, особенно если они передают стандартные объекты C++ через эту границу.
Часто задаваемые вопросы по rcpp предполагают, что он должен быть скомпилирован из исходного кода - вы это сделали - я предполагаю, что если это связано с clang и т. д., некоторые проблемы должны исчезнуть.
Хорошая идея - я попробую это и заставлю использовать libstdc++ оттуда. Тем не менее, никаких гарантий нет, Shiny может явно загрузить libc++.

ОтметкаD · Answer 1

Моя аналогичная проблема была решена путем обновления пакетов, на которые она опирается. Я сделал это с помощью:

install.packages(c("Rcpp", "httpuv", "shiny"))

или вообще:

update.packages()

Эмрб · Answer 2

У меня была аналогичная проблема. Выполнение установки таким образом, а затем явный вызов библиотеки (Rcpp) в дополнение к библиотеке (блестящей) исправило это для меня.

Этот ответ, кажется, не стоит сам по себе. Выполнение установки каким образом?

R блестящий сбой при загрузке примеров (__cxa_guard_acquire обнаружил взаимоблокировку) изменить стандартную библиотеку C++ по умолчанию

Крогг01

троян

Крогг01

троян

мммммм

Крогг01

Ответы (2)

ОтметкаD

Эмрб

Даниэль

Почему я получаю «недопустимый активный путь разработчика» при попытке использовать Git после обновления до macOS Ventura?

GCC: команда не найдена

Как удалить инструменты командной строки для Xcode?

Различные программы в одном проекте Xcode C++

Где хранятся C «объектные» и «исполняемые» файлы в Xcode?

Разработка iOS на Mac mini в середине 2011 г.

Ошибка подписи кода Freetype (Xcode 7.1) Проблема с загрузкой приложения

OpenMPI уже установлен в OS X?

Как изменить размер симулятора iOS?

Значение /etc/launchd.conf setenv, содержащее пробелы