girl101

Как центр белковой полости связан с привязкой?


Биоинформатики Белок-связывающий Биология

Я смущен, и у меня есть следующие вопросы:

1. Что (в контексте статьи ниже) центры белковой полости?
2. Как они связаны с привязкой?

( Автоматическая идентификация особенностей взаимодействия белок-лиганд с использованием индуктивного логического программирования: пример применения связывания гексозы , Сантос и др. 2012)

cagliari2005
Я не думаю, что этот вопрос должен быть закрыт. Однако вы можете добавить немного больше информации и ссылок.

aaaaaa
не нужно становиться враждебным. Существует причина, по которой количество голосов требуется для закрытия / постановки вопроса. Что касается вопроса: ОП, есть ли у вас какая-либо ссылка на используемую фразу? Разве «центр полости» не является центральной точкой данной полости?

girl101
извините за отсутствующий в ссылке, отредактировал вопрос

Mithoron
Я передаю комментарий ФП от вопроса здесь: Кстати, это связано с биологией, белок является неотъемлемой частью биологии. Если вы не можете дать ответ, оставьте этот вопрос в покое ... может быть, кто-то может ответить на него. Не просто сверните его или закройте

Ответы


Mithoron

Как вы можете найти под столом с центрами полостей в pdf-версии этой статьи :

В таблице перечислены идентификатор PDB белка, рассматриваемый лиганд и указанный центр полости. 22 лиганды похожи на гексозы в форме и / или размере. Центр полости представляет собой центр тяжести зарегистрированных номеров атомов PDB.

И немного позже:

Центр связывания-сайта рассчитывается как центроид гексозопиранозного кольца для положительных примеров и в качестве лиганда или пустого центроида для отрицательных. Агенты с гексазопириловым кольцом расположены на расстоянии до 2,9 ̊ A от центра тяжести кольца. Поскольку некоторые атомные взаимодействия могут быть важны до 7 ̊ A [22], мы рассматриваем сайт связывания как все белковые атомы, присутствующие в сфере радиуса 10 ̊ A вокруг центра связывания. Все остальные атомы отбрасываются.

Так что в принципе @aandreev прав. Вы можете прочитать о центроидах здесь

girl101
Я не мог понять голову или хвост этого, не могли бы вы рассказать мне, есть ли какой-либо сайт, который четко объясняет эти расчеты? Я не студент-биолог или химик, я студент-информатик, но моя область исследований - биоинформатика ... Поэтому у меня много проблем, пытаясь понять, что это значит.

Mithoron
Не могли бы вы уточнить свои проблемы?

girl101
например, где я могу найти информацию (расчет и объяснения) получения центроидов сайтов связывания лигандов, я хочу знать об этих механизмах связывания и о том, как эти расчеты выполняются.


Mithoron
Атомная координата находится в PDB-файлах белков.

Смотри также