Ell

Сексуальная экспрессия гена в Х-хромосоме


Экспрессии генов Геномика Секс-хромосома Сексуальной диморфизм Биология

Было показано, что Х-хромосома часто обогащается для женских смещенных генов и имеет дефицит мужских предвзятых генов. Например, в этой статье и в этом .

Тем не менее, я изо всех сил пытаюсь найти документы, которые проверяют общие распределения сексуальных генов. Я пытаюсь выяснить, обогащен ли X для сексуальных генов, например, если Х содержит 20% всех генов, кодирующих белок, он был бы обогащен, если бы он нести 30% всех генов, связанных с полом.

Есть ли такие исследования?


Я думаю, что я нашел ответ, заправленный в разделе методов на обратной стороне газеты Аллена, где 15% генов, связанных с полом, были связаны X-связью, я бы предположил, что это означает, что 15,55% ( 100 × ( 1075 1075 + 4938 + 4323 ) 100 × ( 1075 1075 + 4938 + 4323 ) ) генов, связанных с полом, X-связаны - другие примеры по-прежнему ищут :

«Гены, связанные с хромосомами 2 (4 323 гена, 37%), 3 (4938 генов, 43%) и Х (1,705 генов, 15%), были использованы в анализе, на эти хромосомы приходилось 10 967 (95%) генов ... еще 547 (4,7%) генов ... были опущены "

Ответы


mdperry

Вы можете ответить на этот вопрос самостоятельно, используя хранилище данных modMine для наборов данных modENCODE. Все, что вам нужно, это список женских генов (с использованием вашего идентификатора выбора, хотя FlyBase FBGxxxxxxxx - самый простой). Вы можете использовать свои инструменты списка, чтобы загрузить свой собственный список идентификаторов, а затем есть куча виджетов, которые расскажут вам о таких вещах, как обогащение GO Term, ссылки PubMed, а другое - график гистограммы, показывающий хромосомное распределение ваших генов и вторая гистограмма, показывающая «ожидаемое» распределение. Доступ ко многим сайтам modENCODE можно найти на сайте www.modencode.org.

Хорошо, я пошел и сделал это сам. modMine был довольно медленным, но, к счастью, межминный сервер FlyMine работает нормально. Я загрузил дополнительную таблицу 25 от Graveley et al., Nature, 2011 и вырезал и вставил все идентификаторы «Женские смещенные» для тех строк, в которых были идентификаторы GeneBase Gene. На этом рисунке показано хромосомное распределение 928 генов:

введите описание изображения здесь

Ярлыки на оси X не выстраиваются правильно (по какой-то причине), так что вот таблица с именами хромосом и подсчетами:

Хром Текущий Ожидаемый

2L: 157 169

2R: 176 186

3L: 143 173

3R: 174 217

4: 0 10

X: 264 150

Смотри также