Альтернативы NCBI BLAST во время закрытия правительства США?

Многие молекулярные биологи привыкли обращаться к NCBI BLAST для быстрого и беспроблемного поиска BLAST своих генетических или белковых последовательностей.

Однако во время последнего закрытия правительства США в 2013 году BLAST оказался непригодным для использования из-за отсутствия финансирования.

Действующий президент также угрожает закрыть правительство , если демократы не одобрят финансирование строительства стены на границе с Мексикой.

Какие есть альтернативы NCBI BLAST, которые являются достаточно быстрыми, простыми в использовании и не станут непригодными для использования в случае закрытия правительства США? В идеале инструменты должны охватывать все стандартные подфункции BLAST (pblast, PSI-blast и т. д.).

Ответы (4)

b.nota верен - просто добавлю к своему ответу. Международное сотрудничество по базе данных нуклеотидных последовательностей (INSDC) представляет собой консорциум между банком данных ДНК Японии (DDBJ) , EMBL-EBI и NCBI. Вклады в каждую из 3 баз данных распределяются ежедневно .

(Спасибо @KonradRudolph ) Поскольку EMBL-EBI не подотчетен напрямую какому-либо отдельному правительству ни в финансовом плане, ни с точки зрения направлений исследований, поэтому (временное) закрытие, эквивалентное закрытию NCBI, гораздо менее вероятно. Скорее, как и ЦЕРН, это международная договорная организация, и поэтому, вероятно, она намного более надежна.

ВЗРЫВ

Отвечая на часть 2 вашего вопроса: ДА! BLAST доступен как в DDBJ, так и в EMBL-EBI по следующим ссылкам:

  1. ВЗРЫВ - DDBJ
  2. NCBI ВЗРЫВ+

Сфера

Вот что говорится на сайте INSDC о его масштабах:

INSDC охватывает весь спектр необработанных данных, от выравнивания и сборки до функциональной аннотации, обогащенной контекстной информацией, относящейся к образцам и экспериментальным конфигурациям.

Следующая таблица (взято с веб-сайта INSDC) может помочь вам лучше понять сравнение соответствующих типов данных для 3 участников:

Типы данных INSDC для его участников

Стоит отметить, что EMBL-EBI не подотчетен напрямую какому-либо правительству ни в финансовом плане, ни с точки зрения направлений исследований, поэтому (временное) закрытие, эквивалентное закрытию NCBI, гораздо менее вероятно. Скорее, как и ЦЕРН, это международная договорная организация, и поэтому, вероятно, она намного более надежна.

BLAST можно локализовать на вашем компьютере. Существуют учебные пособия, такие как Run-Blast-Local , предоставленные NCBI. Примечание: вам нужно будет загрузить любые/все базы данных, которые вы хотите BLAST локально. Другие варианты идентификации ORF и попытки идентифицировать потенциальные гены включают: USEARCH, VSEARCH (оба претендуют на то, чтобы быть такими же или быстрее).

Если вы загружаете целые базы данных, например nr db, локальный запуск BLAST будет намного медленнее, чем через браузер. Я предполагаю, что создание настраиваемых, более конкретных баз данных значительно ускорит это (хотя я не могу подтвердить, поскольку я не зашел так далеко в своем исследовании).

Хотя это, безусловно, законная альтернатива, я не думаю, что большинство молекулярных биологов (в отличие от биоинформатики) обладают необходимыми навыками для самостоятельной установки всех пакетов.
@MarchHo Спасибо за полезную критику. Ссылка содержит краткую инструкцию по локализации BLAST и содержит электронное письмо поддержки для всех, кому требуется дополнительная помощь. Я должен был включить эту информацию в ответ. Я не хочу утверждать, что это в любом случае легко, вы действительно правы, утверждая, что этот метод не без проблем. Просто предоставляю дополнительные решения, о которых я знаю :)
Программное обеспечение SequenceServer (которое я помогаю сделать) также может помочь в настройке персонализированных баз данных BLAST с функцией «укажи и щелкни» (это бесплатно с открытым исходным кодом). Это может быть полезно для биоинформатика, запускающего его локально на своем компьютере. Но его также можно установить на общий сервер для доступа через веб-браузер. (ИЛИ есть также облачный хостинг BLAST для тех, кто хочет настроить его, указав и щелкнув.)

Я думаю, что через Европу ( EBI ) будет вариант, но я не уверен, использует ли он американский сервер или работает на европейских серверах.

Обмен данными осуществляется между обеими организациями, которые используют свои собственные серверы. Так что результаты должны быть одинаковыми.

Если в университете есть кафедра информатики, они могут без проблем настроить сервер BLAST для университета.

Серверу нужно только захватить входные данные из формы и отобразить вывод в виде обычного текста — простая задача, которую можно реализовать с помощью широкого спектра языков программирования, серверных сред и операционных систем, от Java до .NET, от Apache до узла. .js. Просто ограничьте IP-адреса только для кампуса, чтобы избежать злоупотреблений со стороны.

Обращение к информатикам устранило бы проблему, связанную с запуском BLAST локально для каждого биолога в отдельности. Это можно даже сделать заданием для школьников, позже выложив победителя в Сеть.

Альтернативы NCBI BLAST во время закрытия правительства США?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v