У меня проблемы с пониманием того, как эукариоты завершают транскрипцию. Изучая биологию Кэмпбелла (стр. 342, 10-е изд.), я прочитал:
У эукариот РНК-полимераза II транскрибирует сигнальную последовательность полиаденилирования на ДНК, которая определяет сигнал полиаденилирования (AAUAAA) в пре-мРНК. Это называется «сигналом», потому что как только появляется этот участок из шести нуклеотидов РНК, он немедленно связывается с определенными белками в ядре.
Текст продолжается словами:
Затем, в точке примерно на 10-35 нуклеотидов ниже по течению от AAUAA, эти белки освобождают его от полимеразы, высвобождая пре-мРНК.
Означает ли это, что пре-мРНК продолжает синтезироваться на протяжении 10-35 нуклеотидов после того, как AAUAA транскрибируется, прежде чем окончательно отсекается?
Спасибо большое.
Согласно «Генам XI» Левина — Кребсу и др. al о эукариотической транскрипции, сплайсинге РНК и процессинге
Неясно, действительно ли РНК-полимераза II участвует в терминации в конкретном сайте. Возможно, что его окончание определено лишь в общих чертах. В некоторых единицах транскрипции терминация происходит более чем на 1000 п.н. ниже сайта, что соответствует зрелому 3'-концу мРНК (который образуется путем расщепления по определенной последовательности). Вместо использования определенных последовательностей терминатора фермент прекращает синтез РНК в пределах несколько сайтов, расположенных в довольно длинных «терминаторных регионах». Природа отдельных участков терминации в значительной степени неизвестна.
Далее говорится,
Сайт расщепления/полиаденилирования в большинстве пре-мРНК окружен двумя цис -действующими сигналами: восходящим мотивом AAUAAA, который расположен на расстоянии 11-30 нуклеотидов от сайта, и расположенным ниже по течению U-богатым или GU-богатым элементом. AAUAAA необходим для расщепления и полиаденилирования, поскольку делеция или мутация гексамера AAUAAA предотвращает образование полиаденилированного 3'-конца (хотя у растений и грибов мотив AAUAAA может значительно отличаться).
Я должен добавить, что значение от 11 до 30 или, как вы сказали, от 10 до 35 нуклеотидов заключается в том, что они сообщают вам приблизительный размер белкового комплекса, расположенного на РНК, и где находится активный центр белка. Домен, который распознает терминирующую последовательность, имеет ширину от 10 до 35 оснований. Вполне вероятно, что вариация обусловлена способностью последовательности РНК, следующей за терминирующей последовательностью, образовывать структуру стебель-петля.
Кэмпбелл использует обязательно базовый и менее детальный подход к информации, которую они предоставляют по молекулярной биологии. Подход состоит в том, чтобы предоставить некоторые детали и показать эволюционные сходства между разнообразными биологическими системами. Этот подход хорош, поскольку он заставляет вас задуматься о взаимосвязанности биологических систем.
По мере вашего продвижения в учебе вы увидите, что реальность и особенности гораздо сложнее и основаны на исключениях, чем это было представлено на вводных курсах. Но более продвинутые курсы посвящают целый семестр тому, что Кэмпбелл описывает в одной главе. Кэмпбелл точен, но неполный по необходимости.