Попросить научного руководителя разрешить указать его имя в качестве соавтора журнальной статьи, рискуя получить отказ?

Похоже, вам нужно рассмотреть три отдельных вопроса:

1. Коммерческие секреты / авторские права: действительно ли данные принадлежат вам для публикации? Я не юрист, но в зависимости от местоположения, типа занятости и контрактов / соглашений о неразглашении, которые вы могли подписать, тот простой факт, что вы сняли показания и получили данные, может не сделать вас законным правообладателем. Что вам может понадобиться — учитывая, что рассматриваемая организация заведомо защищает или даже чрезмерно защищает свои данные — это разрешение на публикацию от главы этого учреждения, даже если вы не собираетесь публиковать весь набор данных, а просто полученные результаты от него. Такие формулировки, как общеизвестно защитные , делают весьма целесообразным просмотреть любые официальные документы, которые вы могли подписать, прежде чем начать.
2. Академическая честность: даже если кажется, что консультанты имеют очень мало общего с проектом, они все же могли предоставить руководство или, может быть, даже просто возможность получить данные (например, они выполнили работу по сборке оборудования, необходимого для получения данных) . В этих случаях по-прежнему необходимо поместить супервайзера в список авторов.
3. Принадлежность: Ставить организацию в аффилиации - насколько я понимаю ситуацию - необходимо, т.к. без их оборудования/настройки вы бы не смогли собрать данные. Подумайте о CERN или DESY: конечно, вы ночуете на объекте, когда у вас есть время для луча, но вы все равно включили бы эту организацию в список филиалов.

Я могу ошибаться, но ваш вопрос звучит так, будто вы считаете, что академическая честность гарантирует, что ваш научный руководитель будет соавтором, но если вы это сделаете, люди могут заметить, что вы публикуете работу на основе данных, полученных в этом институте. И этот институт может возражать против того, чтобы вы опубликовали эти данные, поэтому вам лучше не «будить спящих собак». Если это так, т. е. если люди в институте могут возражать против публикации вами данных, вы должны спросить об этом перед публикацией.

Если выяснится, что они не хотят, чтобы вы публиковались, но у них нет законного способа удержать вас от публикации, нет ничего плохого в том, чтобы попросить вас, и вы всегда можете опубликовать их в любом случае. Но если у них есть юридические средства, чтобы помешать вам публиковаться, просто публикация в любом случае может быть очень плохой идеей с потенциально серьезными последствиями для вашей репутации и вашей карьеры (плюс, возможно, штрафы, но опять же, я не юрист).

Напишите своему руководителю, спросите его, как действовать дальше. Вполне вероятно, что вы не первый, кто хочет опубликовать что-то, основанное на проведенных там исследованиях.

Напишите своему научному руководителю: спросите его, не хочет ли он стать соавтором статьи, основанной на вашей диссертации. Двигайтесь вперед оттуда. Вам не нужно писать бумагу до того, как вы получите мнение своего начальства. Вы должны попросить руководства при написании статьи.

У меня есть возможность опубликовать его, не называя своего руководителя или организацию.

На самом деле, нет.

Публикация без имени вашего руководителя может быть сочтена плагиатом, потому что у них был вклад. Вы говорите, что он имел очень мало отношения к моей реальной работе , но вы должны задаться вопросом, могли бы вы завершить свою диссертацию без него или он руководил вами, если да, то это его вклад.

Хотя вы можете публиковаться, не будучи аффилированными с организацией, вы должны признавать их поддержку. (Они предоставили вам ресурсы для проведения исследований.)