Программное обеспечение с открытым исходным кодом для анализа электродермальной активности

Электродермальная активность (EDA) является мерой симпатической активности, обычно вызванной стрессом или эмоциональным состоянием. Анализ — не такой простой процесс, как анализ времени реакции. Требуются сложные алгоритмы для различения тонической активности (кожно-гальванический уровень; GSL) и фазовой активности (кожно-гальванические реакции; GSR; см. рис. 5). Более подробное объяснение EDA и способов его анализа см. в Bouscein (2012) .

введите описание изображения здесь

BioPac ( Braithwaite, 2013 ) и Movisens предоставляют программные инструменты для анализа этих данных, но это дорогостоящие пакеты. Ledalab и PsPM — это наборы инструментов Matlab с открытым исходным кодом, которые также могут выполнять предварительную обработку и количественную оценку GSL и GSR. К сожалению, сам Matlab не имеет открытого исходного кода и довольно дорог. Существуют ли другие бесплатные решения, позволяющие анализировать данные EDA, такие как пакеты Python или R?

Бусейн, В., Рот, В.Т., Доусон, М.Э., и Филион, Д.Л. (2012). Публикация рекомендаций по электрокожным измерениям. Психофизиология, 49, 1017-1034.

У вас, ребята, нет денег ;-) Я не уверен, где вы находитесь, но если вы станете партнером (правильного :-) универа, вы можете получить в свои руки Matlab бесплатно. Например, Uni Utrecht имеет институциональную лицензию. Объединитесь в пары, устройте гостевое общение или что у вас есть. Вам нужны инструменты для работы.
@Christiaan У компании были MatLab и SPSS, но у нее был плохой опыт в отношении поддержки, лицензирования и т. д. Таким образом, они ищут лучшие (и бесплатные) альтернативы, такие как Python или R. Я обязательно предложу им партнерство. , но я всего лишь стажер (работа с опытом работы) в течение короткого периода времени, поэтому мне нужно быстро производить;)
Проверять. Я понимаю
У меня был точно такой же вопрос в рамках моей докторской диссертации, и в итоге я использовал пробную версию Matlab и Ledalab. В конце концов, я исключил данные КГР из своей диссертации. :)

Ответы (1)

Я нашел список пакетов Python и Matlab. Я суммирую их здесь. Как только я просмотрю пакеты, я предоставлю некоторые дополнительные сведения.

В сети

  • edaExplorer : также в Python.*
    EdaExplorer — это инструмент, способный обнаруживать зашумленные данные из чистых данных. Создаются пятисекундные эпохи, которые будут классифицированы моделью, являющейся результатом контролируемого алгоритма машинного обучения (машина опорных векторов). Данные могут быть помечены как бинарные (чистые или зашумленные) или мультиклассовые (чистые, сомнительные или зашумленные). Зашумленные данные впоследствии могут быть удалены. Кроме того, edaExplorer может находить пики (GSR), и вы можете маркировать эпохи, просматривая данные.

Питон

  • * ЭдаЭксплорер :
  • cvxEDA : также в Matlab.**
    cvxEDA использует процедуру выпуклой оптимизации для разделения данных на три компонента: (1) тонический компонент, (2) фазовый компонент и (3) шумовой член. Шумовой член представляет собой просто последовательность гауссовских случайных величин с нулевым усреднением и дисперсией о 2 . Фазический компонент определяется свертыванием судомоторных нервных импульсов. Остается тоническая составляющая, медленные переменные изменения проводимости. Функция физиологически правдоподобна и показала, что превосходит анализ непрерывной деконволюции (CDA), реализованный в Ledalab.
  • PyPsy 0.1.1 или PyPsy 0.1.5 :
  • ...

р

  • ...

Ява

  • ...

Матлаб

Большинство пакетов пришло с http://affect.media.mit.edu/software.php . Веб-сайт предоставляет инструменты для анализа некоторых других вещей, таких как распознавание лиц. Определенно стоит взглянуть.

использованная литература

edaExplorer: Тейлор С., Жак Н., Чен В., Федор С., Сано А. и Пикард Р. Автоматическая идентификация артефактов в данных электродермальной активности . Конференция «Инженерия в медицине и биологии». 2015.

cvxEDA: A Greco, G Valenza, A Lanata, EP Scilingo и L Citi. cvxEDA: a Convex Optimization Approach to Electrodermal Activity Processing , IEEE Transactions on Biomedical Engineering, 2015. DOI: 10.1109/TBME.2015.2474131

edaSleep: Акане Сано, Розалинд В. Пикард, На пути к таксономии вегетативных моделей сна с электродермальной активностью , IEEE EMBC 2011, Бостон, США, август 2011 г.

Привет, есть ли какой-нибудь пакет в java?
@PrashanthDebbadwar, о котором я не знаю. Я знаю, что можно вызывать сценарии Python из Java. См ., например , stackoverflow.com/q/8898765/6161587 или stackoverflow.com/questions/22697315/… .
Программное обеспечение с открытым исходным кодом для анализа электродермальной активности
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v