Зачем нам нужно глубокое секвенирование?

Зачем нам нужно глубокое секвенирование? Почему технологии секвенирования не могут правильно прочитать все нуклеотиды при первом прочтении? Извините, так как этот вопрос слишком тривиален, у меня вообще нет биологического образования, и я только начал заниматься исследованиями в CompBio. Спасибо.

Ответы (3)

Короткий ответ

В двух словах, технология секвенирования ДНК имеет ограничение на то, насколько длинный участок ДНК она может прочитать за один раз .

Длинный ответ

Поэтому чаще всего происходит то, что длина ДНК, которую вы хотите секвенировать, должна быть (почти случайным образом) нарезана на заданные длины (в зависимости от технологии), и каждая длина или чтение секвенируются параллельно. Но теперь вы не знаете, какие длины склеить! то есть упорядочение этих нарезанных длин. Таким образом, вы упорядочиваете его много раз (глубже), и таким образом вы можете выровнять смежные концы этих длин вместе, как головоломку. Чем больше раз вы секвенируете, тем точнее будут выровнены «контиги».

Диаграмма сборки ДНК

введите описание изображения здесь

Комментарий, если вы хотите получить более подробную информацию, но технический термин, который вы хотите найти в Google, — «секвенирование сборки» .

Вот вики

:)

Спасибо, это очень помогает! Еще один тривиальный вопрос, и я его полностью пойму :) Источники, которые я проверял на "сборке секвенирования", обычно предполагают некоторую предысторию, которой у меня нет, поэтому они не отвечают на мой следующий вопрос: Почему длины, которые будут читаться нарезаются почти случайным образом, что потребовало бы этого выравнивания, а не нарезается в последовательном порядке растяжения ДНК, а просто дополняется друг другом после параллельного чтения? Я уверен, что вы улыбаетесь этому вопросу прямо сейчас :) Но заранее спасибо!
На самом деле это хороший вопрос, потому что я, должно быть, был совершенно невежественным в своих прошлых лекциях, поскольку я не «знаю» ответа, но я могу сделать хорошее предположение: это потому, что вы не можете так обращаться с ДНК, помните, что это химическое вещество. ! Вы помещаете его в раствор, и вы не можете просто «схватить его» пинцетом, отрезать его здесь и там ножницами. Вы разрезаете его с помощью ферментов, которые делают разрезы в повторяющихся участках последовательности - кусочки, которые получаются, просто рассеиваются вокруг, и бум, вам нужно решить сломанную головоломку.
Если комментарии или ответы помогли, не забудьте «проголосовать за», чтобы помочь сообществу :)
Спасибо! Это тоже очень помогает. Я принял ответ, но пока не могу проголосовать, потому что я здесь новичок, поэтому для этого мне нужно еще 3 репутации :)
^^ ограничения... из какой ты области? а почему вопрос биоинформатики?
Я специализируюсь на компьютерных науках и защитил кандидатскую диссертацию в CompBio.
@user5054. Я только что перечитал это сейчас, если вы находите терминологию биоинформатики сложной, то вам было бы полезно прочитать разделы «Глоссарий» хорошо зарекомендовавших себя ресурсов по биоинформатике. Пример: vectorbase.org/glossary

Глубокое секвенирование, естественно, подвержено ошибкам. Секвенирование никогда не будет идеальным, потому что ни один фермент никогда не будет работать на 100,00000% идеально.

При секвенировании Illumina вы помещаете исходную молекулу на проточную кювету, затем полимераза создает вокруг нее кластер копий. Но на каждом этапе создания каждой копии есть шанс, что полимераза совершит ошибку. Затем при секвенировании к комплементарной цепи добавляется единственный комплементарно меченый дидезоксинуклеотид. Но всегда есть шанс, что фермент совершит ошибку. Затем, после прочтения базы, этикетку необходимо расщепить. Еще один шаг, на котором фермент может совершить ошибку. Затем база конвертируется в дезокси, еще одна возможная ошибка. Даже если маловероятно, что каждый шаг будет неудачным, после большого количества шагов будет достаточно проблем, чтобы кластер не отображал правильный цвет равномерно. Программное обеспечение пытается компенсировать, но в результате выесть показания с неточностями. Вот почему у вас должна быть глубина.

Еще один важный момент заключается в том, что мы почти всегда секвенируем популяцию клеток, а не одну клетку. Популяции раковых клеток, например, могут иметь несколько субпопуляций клеток с различной генетикой (субклоны). Секвенирование с глубоким чтением позволяет нам увидеть эту неоднородность, а также измерить количество каждого субклона. Даже с одной клеткой мы можем увидеть обилие различных аллелей... Обычно 50-50 в нормальных клетках, но в раке они могут быть довольно сумасшедшими.

Зачем нам нужно глубокое секвенирование?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v