Какие базы данных доступны для графов сети регуляции генов, начиная с данного гена? Например, начиная с гена p53, где я могу найти изображение регуляторной сети гена, которое можно экспортировать или встроить в другой веб-сайт?
В качестве бесплатного ресурса попробуйте GenMAPP . Коммерческие продукты, такие как Ingenuity Pathway Analysis , делают то же самое с более красивой графикой и продуманным подходом к построению сети, но доступ может быть дорогим, если вы не связаны с учреждением, которое будет платить по счетам.
Если вы не можете позволить себе изобретательность, KEGG также расширилась до регулирующих сетей. Вот ссылка на их версию пути.
http://www.genome.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04115.html
Его можно бесплатно использовать в качестве справочного материала и для академических исследований.
Я настоятельно рекомендую вам посетить Pathguide , чтобы получить представление о том, насколько обширен каталог баз данных Pathway. Заглянув в категорию Pathway Diagrams или в Transscription Factors/Gene Regulatory Networks , вы должны помочь в решении вашей задачи.
Я бы начал с просмотра этих баз данных:
Если вы работаете не с людьми, а с другими видами, возможно, вы найдете более подходящую базу данных в PathGuide.
Удачи!
PS: Извините, новые пользовательские ограничения мешают мне размещать более двух ссылок :/
Славатрон
шигета