Вопрос в значительной степени объясняет сам себя. Как сравнить эти два метода? Я всегда использовал сборочную ПЦР, но этот метод подвержен ошибкам, и мне любопытно, как он сравнивается с лигазной цепной реакцией (LCR).
Я использовал как сборку Gibson (что вы имеете в виду под сборкой?), так и LCR в качестве замены для клонирования с тупым или липким концом. Для меня LCR работал лучше в том смысле, что более высокая доля полученных конструкций была собрана правильно, и я не заметил никаких мутаций после LCR, в то время как я наблюдал их довольно часто с Gibson.
В любой ПЦР-реакции (включая сборочную ПЦР) субстратом реакции является смесь мононуклеотидов. Конкретные олигонуклеотиды служат в качестве праймеров при отжиге на матрице и удлиняются ДНК-полимеразой. Это реакция полимеризации. В LCR нет мононуклеотидов, вместо этого у вас есть много разных олигонуклеотидов, которые отжигаются один за другим на матрице, и используется ДНК-лигаза, чтобы соединить их вместе, чтобы сформировать более длинную молекулу ДНК. Это реакция лигирования. Эти две реакции имеют много общего. Во-первых, они основаны на отжиге олигомеров на шаблоне. Во-вторых, и полимераза, и лигаза должны быть термостабильными. Фактически, обе реакции используют термостабильность ферментов для проведения циклов отжига, реакции (полимеризации или лигирования) и плавления.
Вот хорошая презентация, показывающая эти концепции с некоторой графикой.
Кевин