Существует множество шкал гидрофобности для анализа белков.
В целом, я понимаю, что различия между ними заключаются в экспериментальном методе получения данных и нормализации (или ее отсутствии) данных.
Для обнаружения/прогнозирования трансмембранных сегментов одним из способов является использование окна из 19-20 шкал этих остатков для обнаружения области гидрофобности выше порогового значения. Айзенберг и др. масштаб используется, например , uniprot .
Uniprot, кажется, не объясняет свой выбор использования Eisenberg et al. шкала.
Почему можно использовать одну шкалу вместо другой при прогнозировании трансмембранных сегментов?
Это было изучено некоторыми из моих коллег по лаборатории в статье « Почему биологическая шкала гидрофобности более точна, чем более ранние экспериментальные шкалы гидрофобности? » Я не участвую в их исследованиях, но вот суть статьи:
Разные шкалы, как вы говорите, разрабатываются по разным критериям. В частности, шкала Айзенберга является одной из шкал консенсуса, которая, как мы надеемся, по крайней мере так же хороша, как и все ее компоненты. Считалось, что между весами нет больших различий в производительности. Возможно, именно поэтому Юнипрот не указывает свой выбор масштаба: в то время это не имело большого значения. Исследование, проведенное в 2009 году, показало, что новая шкала UHS на самом деле лучше других.
По результатам бенчмарка различия действительно не такие большие: примерно разница в точности предсказания. Абсолютный победитель? Хесса , забивает выше среднего по шкалам, но с небольшим отрывом следуют UHS, PM1D и PM3D. Производительность Айзенберга, кстати, средняя.
Последнее замечание: они обнаружили, что почти оптимальный размер окна для всех весов составляет 21 с удвоенным весом в центральной трети.
243