Процент генома, посвященный регуляции экспрессии генов
Недавно я изучал ген-супрессор опухоли p53 в качестве модели регуляции экспрессии генов. Удивительно, как много различных посттрансляционных модификаций известно для регуляции активности р53 и сколько различных факторов задействовано в этой регуляции.
Предполагается, что в геноме человека насчитывается от 20 000 до 30 000 генов. Есть ли оценка процента этих генов, основная функция которых связана с регуляцией экспрессии генов?
Хорошо, я уберу это из комментариев и дам ответ, чтобы мы все поработали.
Чтобы напрямую ответить на ваш вопрос:
«Есть ли оценка процента этих генов, основная функция которых связана с регуляцией экспрессии генов?»
Это зависит от того, как вы определяете «экспрессию гена». И какие клеточные процессы вы хотите включить в это определение.
Ответ Ларри — это обычный стандартный ответ, особенно для людей (таких как я, ха), которые потратили много времени на изучение факторов транскрипции. Около 1% генов человека имеют ДНК-связывающие домены и, как полагают, непосредственно участвуют в регуляции транскрипции генов в мРНК — это транскрипционные факторы (ТФ). Близкородственными являются кофакторы , которые регулируют экспрессию путем связывания с TF или механизмом РНК-полимеразы, но не напрямую с ДНК.
Регуляция экспрессии генов может также включать модификации на уровне хроматина — здесь вы должны включать ремоделеры хроматина , гистоновые ацетилазы , деацетилазы , метилазы и сами гистоны .
Транскрипты мРНК также могут регулироваться микроРНК : посттранскрипционными регуляторами, которые связываются с комплементарными последовательностями на мРНК-мишенях, что приводит к репрессии трансляции или деградации мишени и молчанию генов. Таким образом, вы также должны включить белки, участвующие в этом процессе, в первую очередь РНК-индуцированный комплекс молчания , который включает Dicer.
Существуют также белки, участвующие в стабилизации и обороте мРНК, что влияет на экспрессию генов.
Я не уверен, что кто-нибудь суммировал все вышеперечисленные гены, чтобы определить общий процент генома.
Если вы включите в свое определение «регуляции генов» посттранскрипционную модификацию, складывание шаперонов, внутриклеточный транспорт, внеклеточную и внутриклеточную передачу сигналов и т. д., тогда Шигета прав, вы начинаете приближаться к 100%. В самом общем смысле жизнь сама по себе является регуляцией генов .
Да, посмотрите на FANTOM и их работу. В геноме человека насчитывается около 2000 факторов транскрипции и кофакторов. Это белки, конечно. Если вы добавите пару (или несколько?) тысяч микроРНК и несколько десятков антисмысловых транскриптов, пусть и небольших по размеру, вы увеличите этот процент.
По некоторым оценкам, около 70% генома человека расшифровано, и можно утверждать, что многие из этих некодирующих РНК (коротких, длинных, транс-сплайсированных) каким-то образом регулируют процесс превращения ДНК в мРНК в белок.
(Я могу отправить вам эти 2000 или около того FANTOM TF, если хотите. Свяжитесь со мной по электронной почте.)
Эми
Дэниел Стэндидж
Эми
Эми
Дэниел Стэндидж
Дэниел Стэндидж
Эми