Что такое генетический маркер в секвенировании и анализе ДНК? Я слышал, что микросателлиты являются генетическими маркерами? Это повторяющиеся цепочки оснований, такие как GCAGCAGCAGCA и т. д. Почему они являются маркерами и что определяет генетический маркер?
Существует множество различных ВИДОВ генетических маркеров, определенных Википедией, RFLP, SNP и многими другими. Но когда вы нажимаете на них, вы получаете технику , а не последовательность. Так что я запутался, являются ли маркеры методами поиска последовательностей ДНК или они буквально последовательности ДНК? Если это буквально последовательности ДНК, являются ли они последовательностями, которые есть у всех ? Пример РФЛП:
В молекулярной биологии полиморфизм длин рестрикционных фрагментов, или RFLP (обычно произносится как «rif-lip»), представляет собой метод, использующий вариации в гомологичных последовательностях ДНК.
Как указано hello_there_andy (а также на странице Википедии), генетические маркеры — это последовательности ДНК, которые можно использовать для различения людей (также могут быть ткани, клетки и т. д.).
Связывание фенотипа с генетическими маркерами используется для идентификации областей генома, которые, вероятно, являются причиной этого фенотипа, как говорит hello_there_andy, но в том, как выбран маркер, нет ничего, что говорило бы о том, что он должен быть связан с любым фенотипом. Маркеры обычно выбирают для анализа, потому что их легко измерить и отследить, особи различаются по локусу (так что вы знаете, что если интересующий вас фенотип идеально сегрегирует с маркером, это вряд ли будет случайностью) и они покрывают геном ( или участок генома, который вы уже знаете, связан) надлежащим образом, среди прочего.
Генетические маркеры представляют собой последовательности ДНК, которые имеют тенденцию сочетаться с некоторыми биологическими свойствами в популяции.
Например, представьте, что у вас есть 200 человек в популяции. 100 человек имеют некоторую последовательность GGGCCCGGGCCC в некотором локусе (положении в геноме), и эти 100 человек имеют голубые глаза. Остальные 100 человек имеют AAATTTAAATTT в том же локусе и имеют другие цвета глаз (зеленые, коричневые и т. д.). Тогда GGGCCCGGGCCC является маркером биологического свойства «голубые глаза».
Другие биологические свойства с ассоциированными маркерами могут включать следующее: (i) предрасположенность к определенному заболеванию, например болезни Альцгеймера, (ii) высокий интеллект, (iii) и даже наличие другого гена, то есть вы можете иметь маркеры для биологического свойство, которое является «наличие гена X».
Часто оказывается, что маркерами определенных биологических свойств являются сами гены. Но это не очевидно, если только не секвенировать полные геномы нескольких особей популяции, а это дорого. Дешевле полагаться на скрининг маркеров.
Вам не всегда нужно иметь один маркер для каждого биологического свойства, может быть несколько маркеров, разбросанных по геному, и все они связаны с некоторым биологическим свойством. Вы также можете иметь маркер, связанный с несколькими биологическими свойствами.
Генетический маркер — это, по эмпирическому определению, то, что вы можете однозначно разместить на генетической карте. Генетический маркер может быть аллелем известного гена, который придает либо доминантный, либо рецессивный фенотип. В качестве альтернативы генетическим маркером может быть либо полиморфизм длины рестрикционных фрагментов, сегрегация которого может быть обнаружена с помощью Саузерн-блоттинга или ПЦР, либо однонуклеотидный полиморфизм, сегрегация которого может быть обнаружена с помощью эксперимента ПЦР, или ДНК. последовательность действий.
Если два генетических маркера расходятся независимо друг от друга после генетического скрещивания, мы говорим, что они несцеплены, подразумевая, что они отображаются на отдельные хромосомы. Если два генетических маркера не расщепляются независимо после генетического скрещивания (т. е. спаривания), то мы говорим, что они сцеплены, под чем мы подразумеваем карту одной и той же хромосомы.
Ничего не зная о хромосомах или ДНК, при наличии достаточного количества генетических маркеров можно составить генетическую карту организма. Говорят, что все маркеры, которые отображаются так, как будто они связаны друг с другом, образуют «группу сцепления». Когда имеется достаточно генетических маркеров для идентификации всех групп сцепления, количество различных групп сцепления будет равно количеству хромосом (это предполагает один кроссинговер на хромосому во время мейоза).
Важно помнить, что хромосомы можно увидеть только под микроскопом, цитологически, как правило, после фиксации и окрашивания, тогда как группы сцепления и генетические карты не требуют наличия хромосом и не полагаются на них. Генетическая карта, состоящая из различных генетических маркеров, представляет собой абстракцию. В некоторых случаях генетический маркер может быть действительно размещен на физической карте хромосомы — например, у видов с секвенированным геномом — это позволяет нам согласовывать генетическую карту с физической картой (для этого локуса).
Эмори
тердон
Пазе
Патрик Роуз