Иллюстратор ведет себя странно

У меня небольшие проблемы с Illustrator, я не знаю, вызваны ли происходящие события моей проверкой параметра или чем-то еще.

Итак, посмотрите на это изображение:

Все опорные точки прямоугольников и кругов выровнены и идеально лежат друг на друге.

Теперь проблема возникает, когда я использую инструмент Shape Builder или инструмент Pathfinder:

Пути становятся неровными. Точки привязки перемещаются по неизвестной причине, когда я объединяю объекты, и это делает невозможным дальнейшее объединение или удаление некоторых элементов.

Вот результат, который я получаю:

Правда в том, что я никогда раньше не работал с Shape Builder Tool, поэтому я мог делать что-то ужасно неправильное, поэтому, пожалуйста, если вы знаете, в чем проблема, это будет для меня большим подспорьем!