Могут ли бактерии и фаги быть обнаружены в тканях?

в литературе есть несколько исследований вирома и микробиома кишечника, например Reyes et al. о природе ( https://www.nature.com/articles/nature09199?error=cookies_not_supported&code=f5201dbe-3cda-4e09-ba17-688d0352ef81). Теперь имеет смысл найти бактерии (следовательно, фаги) в стуле. Однако есть и другие исследования, в которых сообщается о бактериях из тканей, например Kostic et al. по геномным данным (Статья Геномный анализ выявляет ассоциацию Fusobacterium с...). В данном конкретном случае идентифицированная бактерия (Fusobacterium nucleatum) является внутриклеточным паразитом и обладает факторами вирулентности, которые позволяют ей проникать в ткани. Но мой вопрос носит более общий характер: было бы нормально идентифицировать бактерии и бактериофаги ВНУТРИ тканей человека? В частности, смогут ли метагеномные эксперименты по секвенированию всего генома идентифицировать геном бактерий из тканей человека? И если да, то как мы можем объяснить присутствие бактерий внутри локусов, которые должны быть стерильными? Спасибо

Вы имеете в виду в здоровых или больных тканях? В здоровых тканях есть некоторые бактерии, вирусы или паразиты.
в обоих случаях существуют различия в численности и видах между больными и здоровыми тканями, но в целом при отсутствии явной инфекции ткани должны быть стерильными. Или нет?
Ткани внутри органов обычно стерильны, но не обязательно на 100%. Теоретически стерильность означает отсутствие микробов, но на практике стерильность означает отсутствие микробов, обнаруженных обычными медицинскими тестами. Так что да, микробов в здоровых тканях может быть немного. А микробов очень много в кишечнике, слюне, на коже в составе нормальной флоры. Но вы, наверное, спрашиваете, есть ли микробы «в тканях», а не только «на» коже или в полостях тела.
правильно, я говорю о глубоких твердых тканях, таких как мышцы
@Gigiux Если в вашем вопросе недостаточно конкретики, и вам нужно уточнить свои намерения в комментариях, ваш вопрос недостаточно конкретен, и вам следует его отредактировать.
Кажется, этот вопрос также задавали на ResearchGate. Там уже есть некоторые ответы .

Ответы (2)

Согласно моему комментарию к вопросу, вот ответ на тот же вопрос, заданный на ResearchGate :

Полногеномное секвенирование образцов тканей человека часто приводит к выравниванию считываний с эталонными бактериями, и на самом деле этот метод используется при диагностике инфекционных заболеваний.

Понимание перспектив и препятствий метагеномного секвенирования следующего поколения в качестве диагностического инструмента для инфекционных заболеваний

Идентификация микробиома с низкой численностью в клинических образцах с использованием полногеномного секвенирования

Однако, поскольку ДНК патогена может присутствовать в гораздо меньшем количестве, чем ДНК хозяина, бывает трудно отличить истинное заражение от контаминации и ложноположительных результатов. Стивен Зальцберг обращается к этим проблемам и предлагает вычислительное решение в недавней публикации:

KrakenUniq: надежная и быстрая метагеномная классификация с использованием уникальных подсчетов k-меров

«Обычно подавляющее большинство прочтений соответствует (обычно 95–99%) хозяину, а иногда менее 100 прочтений из многих миллионов прочтений соответствуют целевому виду. Обычные кожные бактерии пациента или лабораторного персонала и другие загрязнение от сбора или подготовки образцов может легко генерировать такое же количество прочтений и, таким образом, маскировать сигнал от патогена».

Чтобы расширить этот ответ, важно понимать, что для точной идентификации малочисленных организмов в метагеномных считываниях требуются очень хорошие эталонные геномы. В отдельной статье группы Зальцберга обсуждается поразительное открытие: многие высококопийные повторы в геноме человека были неправильно аннотированы как бактериальные белки в базе данных NCBI RefSeq.

Человеческое загрязнение бактериальных геномов создало тысячи ложных белков

Это говорит о том, что исследователи должны быть осторожны, пытаясь сделать вывод о присутствии малочисленных бактерий или фагов в данных секвенирования тканей человека, особенно когда присутствие этих организмов не подтверждается другими анализами.

НЕРВЫ и МОЗГ

После заражения ветряной оспой некоторые вирусы герпеса перемещаются по нервам и могут оставаться бездействующими в ганглиях задних корешков спинномозговых нервов... позже они могут активироваться и вызывать опоясывающий лишай .

Согласно ( jvi.asm.org ):

Вирус простого герпеса 1 (ВПГ-1) остается латентным в нейронах головного мозга и сенсорных ганглиях человека и экспериментально инфицированных мышей.

МЕЖПОЗВОНКОВЫЕ ДИСКИ

ПабМед :

Наши результаты дополнительно подтвердили наличие анаэробных бактерий с низкой вирулентностью в дегенерированных МПД, и P. acnes была наиболее частой бактерией.

извините, я должен был указать, что имел в виду ткани, не контактирующие напрямую с окружающей средой, такие как мозг и мышцы - кровь исключена, потому что есть убедительные доказательства наличия в кровотоке вирусов, таких как Anelloviridae.
Хорошо, а как насчет вируса простого герпеса в нервных ганглиях после заражения ветряной оспой? Я обновил свой ответ.
конечно, те, о которых я знаю. Мои данные WGS из тканей указывают на присутствие нечеловеческих вирусов и большого количества бактериофагов. Было бы нормально найти их внутри тканей?
У большинства людей вирусы простого герпеса, вероятно, скрыты в нервах, а у некоторых даже в мозгу, как я писал в своем ответе. Другими возможными кандидатами являются Mycobacterium tuberculosis (при латентном туберкулезе), вирус Эпштейна-Барра (при хроническом инфекционном мононуклеозе), Borrelia burgdorferi (болезнь Лайма). Я имею в виду, что эти бактерии могут сохраняться внутри мозга, костей или других тканей после заживления. Это называется латентной бессимптомной инфекцией.
Могут ли бактерии и фаги быть обнаружены в тканях?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v