Успех компьютерного моделирования в биологии, новые открытия [закрыто]

В интервью Тиму Ханту Хант делает следующий комментарий:

В наши дни есть люди, которые думают, что можно смоделировать все на компьютере. Но я не из таких. Я не думаю, что кто-то на самом деле открыл что-то, моделирующее что-то на компьютере, потому что существует так много разных способов сделать что-то... как сама Природа на самом деле решила это сделать.

Претензия начинается с 4:25 в интервью по ссылке.

Приводили ли когда-нибудь биологические симуляции к биологическим открытиям? Какой цели они служили?

Я думаю, что этот вопрос слишком широк и открыт, и, вероятно, несколько основан на мнении с точки зрения того, что означает «открытие», хотя я открыт для разногласий. Как нейробиолог, я бы сказал, что определенно не согласен с идеей о том, что никто на самом деле ничего не открыл с помощью моделирования, но я также согласен с тем, что существует много дезинформации о том, что на самом деле может сделать моделирование, что приводит, например, к глупым аргументам. от групп по защите прав животных, которые предполагают, что ученые изучают животных только для того, чтобы мучить их, потому что они должны уметь делать все на компьютере...
Я не думаю, что этот вопрос так уж специфичен для биологии, а скорее для использования численного моделирования в науке в целом. ИМО, вопрос здесь не по теме, и его лучше задать на [Philosoiphy.SE](philosophy.stackexchange.com).
Остерегайтесь людей, говорящих не по своей специальности, моделирование в клеточной механике затруднено, потому что мы знаем лишь малую часть того, что происходит, а наши нынешние компьютеры даже не могут обработать все это сразу. Конечно, предсказание структуры белка является довольно важным моделированием, которое он изучал, так что он все равно должен знать лучше.
Я думаю, что это подходящий вопрос для биологии, а также я думаю, что постановка этого вопроса для биологии отличается от того, чтобы задать его для других научных дисциплин, потому что в биологии гораздо больше точек данных, чем, скажем, в физике. Физические симуляции могут включать в себя всего несколько атомов. Биологические симуляции были бы более сложными.
Лично я не использовал компьютерное моделирование, чтобы «открыть», но я использовал его, чтобы определить, какие из идей, которые я разработал априори, возможны.
Я рад переформулировать вопрос, если это возможно.
Мне нравится вопрос, но он плохо подходит для этого сайта. Я согласен с закрытием. Термин «вычислительный» является расплывчатым и, возможно, включает в себя всю биологию . Собственная работа Ханта представляет собой серию моделей биологических систем. Я уверен, что его ученики попутно извлекли уроки из вычислительной работы. В данном случае я не думаю, что Хант понимает, что он комментирует, или, что менее цинично, говорит слишком неточно. Для других ученых, выходящих в другую область и мгновенно падающих, видите, что Мичио Каку не понимает эволюции .
кажется, что ответ «да»: «Моделирование показывает, как бактериальные органеллы преобразуют солнечный свет в химическую энергию» sciencedaily.com/releases/2019/11/191114115845.htm

Ответы (1)

На мой взгляд, это вопрос философии науки, а не биологии, но в любом случае вот мои мысли.

Наука по определению — это методология, требующая создания гипотезы по определенной модели и проверки предсказания этой конкретной гипотезы.

Такое моделирование может быть выполнено либо аналитически (математика), либо численно (с помощью компьютера). Как правило, численное моделирование используется, когда математические инструменты не могут предложить решение для анализируемой системы. Для меня отказ от численного моделирования подобен отказу от моделирования и, следовательно, отказу от научного метода в целом.

Компьютерное моделирование привнесло многое практически в любую область биологии (и практически в любую область науки), настолько, что трудно понять, с чего начать, чтобы полностью ответить на это утверждение. Есть много моделей, которые были только словесными, поскольку математических инструментов было недостаточно для получения более количественных прогнозов. Для многих из этих моделей компьютерное моделирование могло бы предложить количественные прогнозы, которые затем можно было бы дополнительно проверить.

Привет, Реми! Поздравляю с достижением #1 репутации! Молодец, дружище :)
@AliceD Ха-ха Спасибо! Возможно, я не останусь в этом положении надолго, потому что вы с Крисом довольно близки. Три самых известных пользователя очень близки.
Вы действительно получаете много репутации, и так и должно быть, поскольку вы пишете много хороших вещей. Я почти не набираю репутацию в эти дни, теперь я (профессиональный) мод на двух сайтах :-)
Успех компьютерного моделирования в биологии, новые открытия [закрыто]
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v