Я компьютерный инженер (магистр вычислительной техники), который хочет переключиться на область синтетической / системной биологии. У меня есть всестороннее непрофессиональное понимание эволюции, генетики, транскрипции и т. д., но мои академические исследования были в областях информатики, компьютерных наук, компьютерной инженерии и математики.
Есть ли у кого-нибудь хорошие рекомендации по стандартной литературе в этой области, чтобы я был в курсе?
Системная биология
Вингрин и Ботштейн, которые ведут курс системной биологии для выпускников Принстона, написали статью о том, как преподавать этот предмет (Вингрин и Ботштейн, 2006). В статье они выделяют ключевые концепции, которые, по их мнению, имеют решающее значение для понимания современной системной биологии, и преподают курс посредством обсуждения основополагающих работ в этой области.
К сожалению, статья не находится в открытом доступе, поэтому для тех, кто не может получить доступ к статьередактировать: @uvesten нашел бесплатную копию PDF ! Я перечислил их варианты ниже вместе с ключевой концепцией, которую, по их мнению, каждый из них предлагает...
Надежность (т.е. сохранение функции, несмотря на колебания)
Баркай, Н. и Лейблер, С. (1997) Надежность в простых биохимических сетях. Природа. 387913–917.
Эволюционная перспектива
Eisen, JA (1998) Филогеномное исследование семейства белков MutS. Нуклеиновые Кислоты Res. 264291–4300.
Анализ микрочипов (и, в более общем смысле, важность визуализации данных)
Эйзен, М.Б., Спеллман, П.Т., Браун, П.О. и Ботштейн, Д. (1998) Кластерный анализ и отображение полногеномных паттернов экспрессии. проц. Натл акад. науч. США. 9514863–14868.
Индивидуальность элементов в системе:
Эловиц, М.Б., Левин, А.Дж., Сиггия, Э.Д. и Суэйн, П.С. (2002) Стохастическая экспрессия генов в одной клетке. Наука. 2971183–1186.
Максимальное правдоподобие
Felsenstein, J. (1981) Эволюционные деревья из последовательностей ДНК: подход максимального правдоподобия. Дж. Мол. Эвол. 17368–376.
Ультрачувствительность
Goldbeter, A. & Koshland, DE (1981) Повышенная чувствительность, возникающая в результате ковалентной модификации в биологических системах. проц. Натл акад. науч. США. 786840–6844.
Биофизическое моделирование
Ходжкин, А.Л. (1958) Лекция Croonian, ионные движения и электрическая активность в гигантских нервных волокнах. проц. Р. Соц. Лонд. Б. биол. науч. 1481–37.
Случайные процессы и распределения:
Лурия, С.Е. и Дельбрюк, М. (1943) Мутации бактерий от чувствительности к вирусам до устойчивости к вирусам. Генетика. 28491–511.
Стабильное переключение между состояниями:
Новик, А. и Винер, М. (1957) Ферментная индукция как явление по принципу «все или ничего». проц. Натл акад. науч. США. 43553–566.
Сходство последовательностей Smith, TF & Waterman, MS (1981) Идентификация общих молекулярных подпоследовательностей. Дж. Мол. биол. 147195–197.
Синтетическая биология
Хорошим местом для начала изучения этого предмета является сеть синтетической биологии:
У меня похожий опыт (CS переключается на системную биологию), и я многому научился, прочитав «Системную биологию: учебник» Эдды Клипп и др. [1]. Это очень хороший обзор различных подобластей, и он написан таким образом, что более дружелюбен к техническому мышлению, чем большинство других книг, связанных с биологией (т. е. краток, по существу, не стесняясь формул). Раздел об экспериментальных методах — настоящее сокровище, по крайней мере, для меня самой большой проблемой было привыкнуть к способам, которыми мы можем заглянуть в клетки.
Еще один текст, на который вы можете обратить внимание, — это «Введение в системную биологию» Ури Алона, но он очень ориентирован на динамическое моделирование и даст вам меньше общего обзора.
[2] http://www.amazon.com/Introduction-Systems-Biology-Mathematical-Computational/dp/1584886420
Существует недавно опубликованная книга от Garland Science по системной биологии http://www.garlandscience.com/product/isbn/9780815344674 .
и классический учебник: Physical Biology of the Cell http://www.garlandscience.com/product/isbn/9780815341635
Я работал над подготовкой учебной программы по синтетической биологии для небиологов и нашел отличный ресурс в учебнике профессора Скотта Мора (BU, химия) «Учебник по синтетической биологии», доступном здесь:
Многие люди переключаются на системную биологию из-за знаний в области математики/физики/информатики, и им может понадобиться учебник по клеточной биологии, чтобы обновить свои знания по общей биологии.
* Для знаний в области молекулярной биологии: * Всеобъемлющий и надежный текст по биологии для выпускников — «Молекулярная биология клетки» Альбертса:
* Для знаний в области биохимии, особенно связанных с метаболическими путями: * Учебник, в большей степени ориентированный на биохимию, — это учебник Voet&Voet, который очень всеобъемлющий: http://www.amazon.com/Biochemistry-BIOCHEMISTRY-VOET-Donald-Voet/dp/ 0470570954/ref=sr_1_1?s=books&ie=UTF8&qid=1361575189&sr=1-1&keywords=voet+биохимия
пользователь42010