биоинформатика/геномика [закрыто]

я ищу вероятные сайты усечения, чтобы доказать рекомбинацию в последовательностях. у меня 4 последовательности. я считаю, что одна является «настоящей последовательностью», а остальные 3 являются рекомбинантными, вызванными расщеплением, возможно, из-за протеиназы Arg c. Я знаю, что мои последовательности перекрываются из-за многократного выравнивания, которое я выполнил с помощью UniProt, и я выбрал фермент из-за выполнения разрезов на резаке Expasy. Если бы кто-нибудь мог указать мне в правильном направлении, это было бы очень признательно. Спасибо заранее

-1 вопрос в настоящее время неразборчив и непонятен, с чем вы боретесь. отредактируйте вопрос, чтобы сделать его читаемым и сделать сам вопрос более ясным.
спасибо, я перефразировал вопрос, я новичок на этом сайте, я ищу сайты усечения в последовательностях, если у вас есть какая-либо информация о полезной литературе, я был бы очень признателен. большое спасибо
Не могли бы вы сделать этот пост редактируемым? Публикация тонны последовательностей кажется мне бесполезной, по крайней мере, если вы не перефразируете свой вопрос. Это белковые последовательности, поэтому вы не найдете стоп-кодонов.
я указал, что ищу не стоп-кодоны, а сайты усечения, последовательности - это те, которые я сравниваю, мне жаль, что они не читаются, так как я не могу вставить их "в рамку" ..... если вы могли бы направить меня к литературы по идентификации сайтов усечения, поскольку я считаю, что эти последовательности являются рекомбинантными друг с другом из-за проведенного мной выравнивания. большое спасибо
Усеченные сайты чего? Белки? Белковый перевод? Транскрипция?
мой профессор сказал про пептиды… я считаю, что 3 из этих последовательностей являются рекомбинациями 1 основной последовательности, которую я получил от UniProt
Затем я бы рекомендовал использовать инструмент выравнивания последовательностей (clustalw должен это сделать) и выровнять последовательности, чтобы выяснить, есть ли сходство.
я сделал это, и у меня есть выравнивания, которые показывают, что есть перекрытия ... я просто не знаю, что сказать, чтобы подтвердить свое наблюдение за пределами того, что я вижу ... поэтому мне сказали искать «вероятные места усечения». «Чтобы подтвердить мое наблюдение, отсюда и мой пост, возможно, у вас есть какие-либо рекомендации о том, в каком направлении мне следует искать? большое спасибо
использование параметра «предварительно отформатированный текст» в тексте выравнивания поможет сделать его более читаемым. И RE ваш комментарий к другому посту - я помогаю, поэтому нет необходимости в грубых комментариях, правильно написанные и четкие вопросы получают лучшие ответы, так все делается на сайтах SE.
спасибо за вариант предварительно отформатированного текста, и это не был грубый комментарий, я новичок на веб-сайте, и все были чрезвычайно полезны, однако, если вы прочитаете сообщение, вы увидите, что это не дублирующийся вопрос и ненужный ответ, поскольку Я новичок и пытаюсь ориентироваться на сайте. большое спасибо
chat.stackexchange.com/rooms/1997/biology это хорошее место, чтобы получить такую ​​помощь
спасибо, вы знаете что-нибудь о рекомбинации последовательностей из-за расщепления и/или усечения?

Ответы (1)

Последовательности, которые вы опубликовали, кажутся (белковыми) аминокислотными последовательностями. Стоп-кодон присутствует в последовательностях ДНК и в последовательностях мРНК.

В ДНК основаниями являются A, G, C и T; стоп-кодоны – это ТАГ, ТГА и ТАА. В РНК основаниями являются A, G, C и U; стоп-кодоны – UAG, UGA и UAA. В ДНК и РНК другие буквы используются для обозначения вырождения.

То, что у вас здесь, похоже на белковые последовательности. Итак, в опубликованных вами последовательностях нет стоп-кодонов.

спасибо, это правильно, я хотел сказать, что искал сайты усечения, а не стоп-кодоны.
биоинформатика/геномика [закрыто]
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v