Разница между специфичными для нити и не специфичными для нити данными РНК-секвенирования

Я хотел бы спросить, в чем разница между набором данных, специфичным для нити, и набором данных, не специфичным для нити.

Насколько я знаю, специфичные для нити данные означают, что мы знаем, из какой нити транскрипция.

У меня нет биологического фона. Пожалуйста, подтвердите, правильно ли это. Если у нас есть транскрипт, полученный из смысловой цепи, когда RNA-seq производит считывания, то сначала синтезируется кДНК. Затем эта кДНК используется для ПЦР для амплификации образца? Тогда сгенерированные чтения могли быть из обеих цепей исходной ДНК?

Что отличается для протоколов, специфичных для нитей?

================================================== ======

Следовать за.

Пожалуйста, поправьте меня, если я ошибаюсь. Существует несколько протоколов для получения библиотек РНК-секвенций, специфичных для нитей. Основной процесс выглядит так:

  1. Получите РНК;
  2. Получить его кДНК;
  3. Каким-то образом пометить кДНК как смысловую или антисмысловую при амплификации (ПЦР?) (вот в чем заключаются различия между разными протоколами);
  4. Затем УДАЛИТЕ все антисмысловые (или смысловые) кДНК;
  5. Прочитайте чтения из чистой библиотеки кДНК.

В результате считывания с этой РНК можно использовать для сборки смысловой кДНК. А для библиотек, не специфичных для нитей, использование прочтений позволит собрать как антисмысловую, так и смысловую кДНК.

Я прав в этой проблеме? Спасибо.

кросспост (сначала закрыт, потом снова открыт...) biostars.org/post/show/43507/…

Ответы (1)

Возможно, стоит проверить статью « Комплексный сравнительный анализ методов секвенирования РНК, специфичных для нитей ».

Наиболее распространенные методы последовательно лигируют различные РНК-адаптеры к 5'- и 3'-концам каждой молекулы РНК до синтеза кДНК. Вы получите молекулу РНК, которая выглядит так (где A и B — два адаптера):

  5'-AAAAAA---------------BBBBBB-3'

Эти адаптеры затем используются для синтеза кДНК и подготовки библиотеки. Наконец, поскольку каждый адаптер лигируется с определенным концом РНК, библиотека может быть создана специфичным для стенда способом; т.е. чтения, полученные из антисмысловой цепи , должны быть выровнены с антисмысловой цепью генома.

** Обратите внимание, что существуют и другие варианты этой методики, но протокол Illumina является одним из самых популярных.

Спасибо, @GWW. Означает ли это, что Illumina собирается предоставить пользователям две библиотеки (одну антисмысловую и одну смысловую)? Или они просто помечают каждое чтение, из какого оно смысла? Отдавая показания клиентам, удаляли ли они заранее адаптеры? Или пользователям нужно удалять самостоятельно?
Кстати, я проверил бумагу... Но ничего не нашел о постобработке данных...
Вы имеете в виду выравнивание показаний?
Я имею в виду, вы сказали, что «чтения, полученные из антисмысловой цепи, должны быть выровнены с антисмысловой цепью генома», так что же может предоставить Illumina? Если они просто предоставляют все, что читает, это не зависит от нити, верно? Они должны отфильтровывать смысловые или антисмысловые прочтения, или они могут помечать каждое прочтение как относящееся к смысловой или антисмысловой цепи. Я прав?
Нет, после выравнивания риды, полученные из антисмысловой цепи, должны выравниваться только с антисмысловой нитью генома (то же самое и для ридов из смысловой нити). При использовании стандартного препарата РНК-секвенирования чтения могут быть выровнены по любой из цепей, что не позволяет сделать вывод о фактической цепи, из которой получено чтение.
Спасибо за терпение, @GWW. Да, показания антисмысловой цепи должны быть выровнены с антисмысловой ДНК. Итак, учитывая чтение, мы ЗНАЕМ, что это чтение ДОЛЖНО быть из какой нити, верно?
Да, если предположить, что библиотеки были подготовлены с использованием направленной библиотеки.
Разница между специфичными для нити и не специфичными для нити данными РНК-секвенирования
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v