Какую информацию можно извлечь из данных РНК-секвенирования во времени?

Так что я очень новичок в области биологии, поэтому извините, если это глупый вопрос.

У меня есть данные RNA-Seq, полученные в течение 100 дней, и у меня есть данные об экспрессии генов в следующем формате. Каждое значение выражения является средним из 3 повторов.

           Day 1         Day 10     Day50     Day 100
Gene 1      12             42         35       12
Gene 2      50             53         23       100
.           .              .          .        .   
.           .              .          .        .   
.           .              .          .        .

и так далее, приведенные выше данные - это то, что я придумал, но не могли бы вы сказать мне, какую информацию я могу извлечь из данных этого типа? Например, дифференциальная экспрессия генов. Большое спасибо

Обратите внимание, что существует также сайт bioinformatics.stackexchange.com.

Ответы (2)

Это может быть сложно, потому что данные секвенирования РНК рассматривают экспрессию генов в форме мРНК. Но есть тысячи генов домашнего хозяйства, которые экспрессируются постоянно, пока жив организм. Таким образом, действительно интересные гены с течением времени — это те гены, которые экспрессируются по-разному. Итак, ген 1 в вашем примере не так уж и интересен. Ген 2, однако, обеспечивает 4-кратное увеличение между 50-м и 100-м днями. Тем не менее, это не так уж и много. Вам нужны компьютерные программы, чтобы разобраться во всем этом. Но что вам нужно, так это иметь возможность ассоциировать огромные изменения в мРНК (экспрессии генов), которые можно отличить от фона.

Здравствуйте, Карл, спасибо за ваш ответ, я должен упомянуть, что каждое значение выражения, которое у меня есть, является средним значением rpkm для 3 повторений. Так что изменение выражения не связано с биологическим шумом. Да, я подумывал использовать R, чтобы, возможно, классифицировать гены по моментам времени, когда они имеют максимальную экспрессию.
Даже если есть реплики, это не означает, что вы устранили шум — просто уменьшили один из множества различных источников шума. У вас должны быть данные по генам домашнего хозяйства, которые вы можете использовать для нормализации количества генов; см., например, этот вопрос и ответ

Я никогда не видел, чтобы люди извлекали данные из данных, может быть, вы имели в виду, какой тип информации вы хотели бы извлечь, и ответ «гены по-разному выражены». Вы должны проверить, нормализованы ли ваши данные или нет. Если это так, вы можете использовать популярный пакет R, такой как DEseq2 или Limma, для обнаружения дифференциально выраженных генов. В случае, если ваши данные не нормализованы, у этих инструментов есть правильный способ нормализовать вашу матрицу.

Вот ссылка лиммы: https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/limma/inst/doc/usersguide.pdf

на стр. 46 у вас есть пример того, как обращаться с анализом динамики времени

Да, именно это я и имею в виду, я хочу знать, какую информацию я могу извлечь. Но поскольку каждая точка данных представляет собой среднее значение трех повторов, возможно ли найти гены с дифференциальной экспрессией? Спасибо за наводку на DESeq и Limma!!
Да, конечно, вы можете, было бы лучше, если бы у вас были все реплики для каждого образца, но вы должны делать с тем, что у вас есть, если только люди в лаборатории не могут предоставить вам необработанные данные. Пожалуйста, проверьте новый ответ. Я указал вам, на какую страницу вы должны перейти, чтобы выполнить анализ.
если этот ответ ответил на ваш вопрос, отметьте вопрос как отвеченный. Лучший
Какую информацию можно извлечь из данных РНК-секвенирования во времени?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v