Анализ вырожденного выравнивания

Во-первых, вырожденность в основном смысле относится к избыточности кодонов в генетическом коде . Например, аминокислота пролин кодируется одним из четырех кодонов: CCA, CCC, CCG и CCU. Третье положение кодона (третья буква в каждой группе из трех) называется четырехкратно вырожденным, поскольку оно может меняться, не влияя на кодирование пролина. Фенилаланин дважды вырожден, потому что он кодируется UUC и UUU.

Однако это не учитывает часть выравнивания вашего вопроса. Без более конкретной информации (например, ссылки, которую вы видели), я не могу быть уверен в ваших намерениях, но эта статья Морина и др. (2008) может оказаться полезным. У них была серия небольших последовательностей РНК (каждая длиной около 24 нуклеотидов). Они хотели идентифицировать последовательности ДНК в геноме сосны узколистной ( Pinus contorta ) и риса ( Oryiza sativa ). Для достижения этой цели они использовали выравнивание вырождения. Вот соответствующий раздел их методов:

изменен, чтобы разрешить поиск по геномной последовательности. Выравнивания сохранялись, если они были не короче L − 3, где L — длина последовательности запроса. В выровненной области допускалось не более трех несоответствий или вставок/удалений.

Их подход заключался в том, чтобы найти геномные последовательности, соответствующие малым РНК. Они допустили некоторое вырождение либо в геноме, либо в РНК. Последовательности могут отличаться по длине не более чем на три нуклеотида или несоответствия (А в последовательности запроса, но С в целевой последовательности вместо Т; я предполагаю, что запрос — это РНК, а цель — геномная ДНК). Их выравнивание вырождения допускало небольшую свободу в определении потенциальных совпадений консервативных кластеров РНК (высокое сходство) в геномах отдаленно родственных видов растений.

Морин Р.Д. и соавт. 2008. Сравнительный анализ транскриптомов малых РНК Pinus contorta и Oryza sativa . Исследование генома 18: 571-584.