http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
На этом веб-сайте, когда я хочу применить алгоритм пси-взрыва к последовательности, в разделе параметров алгоритма что означает порог PSI-BLAST? Знак вопроса говорит, что это означает, что:
Установите порог статистической значимости, чтобы включить последовательность в модель, используемую PSI-BLAST для создания PSSM на следующей итерации.
Другой параметр называется псевдосчетчиком. Тоже не понял. Не мог понять, что это значит, объясните кто-нибудь простым языком.
PSI-BLAST — это итеративный алгоритм. В каждом цикле он использует модель (матрицу оценки позиции или PSSM ) для поиска последовательностей, соответствующих модели, затем обновляет модель найденными последовательностями, а затем снова запускает поиск с обновленной моделью. Это P-значение определяет, какие из последовательностей, найденных в каждой итерации, должны быть включены в новую модель (т.е. включать только те последовательности, которые удовлетворяют P-значению).
Что касается псевдосчетчиков , то это значение должно быть добавлено к каждому столбцу в PSSM. Причина в том, чтобы избежать записей с нулевым счетом, которые позже могут вызвать проблемы. Но, как подсказывает справка:
Параметр псевдосчетчика. Если указан ноль, то параметр определяется автоматически по принципу минимальной длины описания (PMID 19088134). Значение 30 предлагается для получения приблизительного поведения до того, как был реализован принцип минимальной длины.
Вероятно, можно оставить параметр по умолчанию, если у вас нет причин его менять.