Я просматриваю веб-сайт NCBI — Nucleotide — в поисках примеров реальных последовательностей ДНК, которые можно использовать в моем небольшом домашнем проекте.
Мой вопрос связан с названием последовательности ДНК ниже:
Митохондриальная ДНК Sus scrofa, область D-петли, изолят: европейский кабан 3
линейная ДНК длиной 1045 п.н.
Я думал, что митохондриальная ДНК отличается от линейной/ядерной ДНК, особенно тем, что митохондриальная ДНК является кольцевой, а линейная/ядерная ДНК – линейной. Так что же на самом деле означает приведенный выше заголовок (простыми словами)? Он по-прежнему линейный или нет?
Что ж, митохондриальная ДНК МОЖЕТ быть линейной (в некоторых организмах), см. страницу Википедии по этому вопросу.
У большинства многоклеточных организмов мтДНК, или митогеном, организована в виде кольцевой ковалентно замкнутой двухцепочечной ДНК. Но у многих одноклеточных (например, у инфузории Tetrahymena или зеленой водоросли Chlamydomonas reinhardtii), а в редких случаях и у многоклеточных организмов (например, у некоторых видов Cnidaria) мтДНК обнаруживается в виде линейно организованной ДНК. Большинство этих линейных мтДНК обладают независимыми от теломеразы теломерами (т. е. концами линейной ДНК) с различными способами репликации, что сделало их интересными объектами исследований, поскольку многие из этих одноклеточных организмов с линейной мтДНК являются известными патогенами.[19]
Для митохондриальной ДНК человека (и, вероятно, для многоклеточных животных в целом) обычно присутствует 100-10 000 отдельных копий мтДНК на клетку (яйцеклетки и сперматозоиды составляют исключение). У млекопитающих каждая двухцепочечная кольцевая молекула мтДНК состоит из 15 000–17 000[20] пар оснований. Две цепи мтДНК различаются по содержанию нуклеотидов: богатая гуанином цепь называется тяжелой цепью (или H-цепью), а богатая цитозином цепь называется легкой цепью (или L-цепью). Тяжелая цепь кодирует 28 генов, а легкая цепь кодирует 9 генов, всего 37 генов. Из 37 генов 13 относятся к белкам (полипептидам), 22 — к транспортной РНК (тРНК) и два — к малой и большой субъединицам рибосомной РНК (рРНК). Эта закономерность также наблюдается у большинства многоклеточных животных, хотя в некоторых случаях один или несколько из 37 генов отсутствуют, а диапазон размеров мтДНК больше. Еще большие различия в содержании и размере генов мтДНК существуют среди грибов и растений, хотя, по-видимому, существует основное подмножество генов, которое присутствует у всех эукариот (за исключением тех немногих, у которых вообще нет митохондрий). Некоторые виды растений имеют огромные мтДНК (до 2 500 000 пар оснований на молекулу мтДНК), но, что удивительно, даже эти огромные мтДНК содержат такое же количество и виды генов, как родственные растения с гораздо меньшими мтДНК.[21]
https://en.wikipedia.org/wiki/Митохондриальная_ДНК
В случае вашей последовательности это означает только то, что она была введена в NCBI как линейный фрагмент ДНК (обычно это происходит, например, когда вы секвенируете только фрагмент кольцевой ДНК). Это не означает, что внутри организма это линейно!
Надеюсь, это ответит на ваш вопрос !