Как выполнить структурное выравнивание ДНК в pymol

Как я могу «поместить» две структуры ДНК с разными последовательностями нуклеотидов в PyMol?

Я хотел бы использовать структуру ДНК-связывающего белка в PDB (1h9t), который связан с ДНК в файле PDB, и подогнать более длинную ДНК, встроенную в силикон, с помощью трехмерного дротика (haddock.science.uu.nl/ ДНК/dna.php).

Добро пожаловать в био. Возможно, будет полезна ссылка или некоторая справочная информация о вашем эксперименте.
Привет @Claudio и добро пожаловать в Bio.SE! Надеюсь, я показал вам, как быстро выровнять ДНК в PyMol, но я не уверен, что вам это нужно для стыковки пикши.

Ответы (1)

Выравнивание в PyMol

PDB ID 1h9t содержит структуру как ДНК, так и белка. Он начинается как один объект.

Прежде чем мы проведем выравнивание, нам нужно отделить вашу ДНК от белка.

  1. Показать последовательность (нажмите S в правом нижнем углу).

введите описание изображения здесь

  1. Выделите все «остатки» цепочек X и Y (эти цепочки содержат каждую цепочку вашей ДНК) на полосе последовательности вверху.

  2. Используйте графический интерфейс, чтобы выделить выделение для нового объекта (я нахожу, что это faff, делающий это с помощью терминала) .

  3. Переименуйте новый объект (возможно, автоматически названный obj01) в DNA1 или как вам больше нравится.

  4. Загрузите новый невыровненный фрагмент ДНК (я использовал fetch 1BNA) .

  5. Pymol использует алгоритм CEalign для выравнивания структур в трехмерном пространстве. Вы можете вызвать его с помощью следующей команды:

    cealign DNA1, 1BNA, object=aln

Выход:

введите описание изображения здесьЕще одно программное обеспечение для 3D-выравнивания, которое мне очень нравится, — это сервер Dali .

Пикша

Хэддоку все равно, выровнены ли две молекулы перед анализом, при условии, что вы отправляете каждую ДНК отдельно вместе с белком для анализа связывания. Это потому, что он пробует огромное разнообразие ориентаций. Вот список того, что вам нужно сделать с вашим pdb перед отправкой в ​​HADDOCK .

И не забудьте (как и я) правильно раскрасить и выполнить трассировку лучей ( ray) фигур, прежде чем размещать их в важных местах!
Как выполнить структурное выравнивание ДНК в pymol
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v