Есть ли ресурс с количественными данными о клеточных белках?

Я студент магистра наук, работающий в области математической биологии. В своей диссертации я моделирую диффузию белка, который может связываться с рецепторами клеточной поверхности. Чтобы смоделировать это, мне нужны приблизительные данные о скорости связывания, скорости деградации, скорости диффузии и т. д. компонентов, участвующих в этой системе. Мне удалось найти кое-какую информацию об этих вещах, но все они пришли из чтения статей — статей по биологии, где у меня едва хватает знаний, чтобы понять ключевые понятия, и (если смотреть правде в глаза) едва хватает терпения, чтобы читать.

Есть ли лучший способ найти эти количественные данные? В идеале я хотел бы найти базу данных, в которой есть такие данные, но я не задерживаю дыхание.

Какие методы люди в моем положении используют для поиска такого рода информации?

Ответы (1)

Я перечислю бумаги, из которых я получил эти параметры. BioNumbers — очень полезный ресурс, и некоторые из этих статей, которые я цитирую, были получены из ссылки, упомянутой в BioNumbers. Таким образом, BioNumbers должен в первую очередь искать такие вещи. Если вы не удовлетворены, начните гуглить :)

Однако следует иметь в виду, что моделирование с использованием точных параметров может быть не очень полезным. Вы можете попробовать варьировать параметры в заданном диапазоне и увидеть эффект. Некоторые параметры на самом деле сильно различаются.

  1. Скорость трансляции белка: 11 аминокислот в секунду. Предположим, что некоторая стационарная концентрация мРНК. Этот параметр сильно варьируется, так как на одну мРНК может приходиться несколько рибосом [1] . См. также Schwanhäusser et al. (Дополнительный лист Excel) [2]
  2. Скорость деградации белка: возьмите среднее значение или одно из значений, указанных Schwanhäusser et al. (2011) [2]
  3. Показатели ассоциации/диссоциации: см. таблицу Zhou (2003). В нем перечислены различные известные взаимодействия. [3]
  4. Диффузионная способность белков: отличается для цитоплазмы и воды. Вы можете предположить, что коэффициент диффузии в ECF такой же, как и в воде. См. Arrio-Dupont et al. (2000) [4] . Они сообщают об этом для конкретных белков. Вы можете экстраполировать на другие белки, используя соотношение Стокса-Эйнштейна , которое говорит, что коэффициент диффузии уменьшается обратно пропорционально радиусу частицы.

[1] Сивяк, Марлена и Петр Зеленкевич. « Веб-сервис транссимуляционно-белкового биосинтеза». PloS one 8.9 (2013): e73943.

[2] Шванхойссер, Бьорн и др. « Глобальная количественная оценка контроля экспрессии генов млекопитающих ». Природа 473.7347 (2011): 337-342.

[3] Чжоу, Хуань-Сян. « Кинетика ассоциации и диссоциации колицина E3 и белка иммунитета 3: конвергенция теории и эксперимента ». Белковая наука 12.10 (2003): 2379-2382.

[4] Аррио-Дюпон, Мартина и др. « Трансляционная диффузия глобулярных белков в цитоплазме культивируемых мышечных клеток » . Биофизический журнал 78.2 (2000): 901-907.

Спасибо за ссылки и +1 за биономера! Это именно то, что я искал
Есть ли ресурс с количественными данными о клеточных белках?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v