Как интерпретировать матрицу процентной идентичности, созданную Clustal Omega?

Я провел множественное выравнивание последовательностей, используя Clustal omega. проверили сходство для 3 белковых последовательностей: аспартиламинопептидазы [Homo sapiens], аминопептидазы P (APP) [Plasmodium falciparum 3D7], аминопептидазы дрожжей (S000001586)APE1. Я получил процентную матрицу идентичности как

Матрица процентной идентичности - создана Clustal2.1

 1: PF3D7_1454400              100.00   16.18   20.35
 2: gi|5902181|gb|AAD01211.2|   16.18  100.00   29.66
 3: S000001586                  20.35   29.66  100.00

Мои сомнения:

  1. Я хотел бы знать, как интерпретировать этот результат матрицы
  2. Возвращаясь к результатам выравнивания последовательностей, когда я нажимаю «Показать цвета», сводка выравнивания окрашивается в 4 цвета — красный, зеленый, синий и розовый. Может ли кто-нибудь помочь мне в расшифровке ссылки на цвет сводки по выравниванию?

Спасибо

Ответы (1)

        Gene-1   Gene-2    Gene-3
Gene-1  100.00    16.18     20.35
Gene-2  16.18    100.00     29.66
Gene-3  20.35     29.66    100.00

Ген-1 и Ген-1 имеют 100% сходство (и все остальные диагональные элементы). Ген-1 и ген-2 имеют сходство 16,15% и так далее. Следовательно, матрица симметрична M(i,j) = M(j,i).

Вы также можете показать только верхнюю треугольную часть этой матрицы, и этого будет достаточно.

        Gene-1   Gene-2    Gene-3
Gene-1  100.00    16.18     20.35
Gene-2           100.00     29.66
Gene-3                     100.00

Цвета в основном обозначают тип (молекулярную природу) остатка. Посмотрите на это и на это .

Как интерпретировать матрицу процентной идентичности, созданную Clustal Omega?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 4v