Я провел анализ маркеров SSR с использованием биоинформатического инструмента на некоторых данных секвенирования РНК тканей человека. Теперь мой руководитель полагал, что мы должны проверить эти SSR на транскриптомных и геномных последовательностях, полученных из одной клетки.
Мой вопрос: почему я должен выполнять проверку последовательностей из одной ячейки? Спасибо, что поделились здесь своей идеей и опытом.
Я думаю, что ваш супервайзер хочет увидеть, есть ли межклеточная вариация длины повтора, и если да, рассчитать вариацию. Это можно сравнить с межтканевой или межиндивидуальной вариацией.
Обычно, когда вы берете пул клеток для любого анализа, вы усредняете свойства отдельных клеток.
Используя секвенирование, вы действительно сможете найти изменчивость длины повтора, если ваши чтения достаточно длинные. Согласно википедии , SSR представляют собой мотивы длиной 2-5 п.н., которые повторяются 5-50 раз. Таким образом, максимальная длина будет составлять 250 п.н., секвенирование которых является простой задачей. Таким образом, вы сможете узнать долю SSR определенной длины из объединенной выборки и получить распределение длин. Это довольно просто, если вы знаете местонахождение повторов и используете специальные праймеры для секвенирования.
Однако, если вы не знаете точное местонахождение ваших SSR и выполняете случайную фрагментацию РНК/ДНК и общую РНК/ДНКсек, то вам может быть не так просто это сделать.
В любом случае я думаю, что легче определить локус и провести целенаправленное секвенирование в объединенном образце, чем выполнять РНК-секвенирование отдельных клеток (по крайней мере, если целью является получение распределения длины повторов).
WYSIWYG