Недавно я прочитал статью под названием « "An automated labeling system for subdividing the human cerebral cortex on MRI scans into gyral based regions".Я хочу использовать метод этой статьи для применения к моему набору данных, чтобы получить анатомические маски». Я уже установил fsl в своей системе Linux. Но я все еще не могу полностью понять эту бумагу. Конкретно я хочу получить Temporal Occipital Fusiform gyrus (TOFC)и lateral occipital Cortex (LOC)интересующий регион. Кто-нибудь может мне помочь?
Я ТМС, но не фМРТ, исследователь, но у меня есть опыт использования анатомических масок. Я могу провести вас по шагам, чтобы сделать анатомическую маску, но, к сожалению, у меня нет никакого кода, чтобы предложить вам.
Прежде всего вам нужен набор координат x, y и z, которые указывают, где находятся TOFC или LOC. Один из способов найти их — найти документ, в котором сообщается о значениях x, y, z, соответствующих вокселу, содержащему координаты изменения пикового ЖИРНОГО сигнала в пределах LOC или TOFC. В качестве альтернативы можно найти некоторые анатомические исследования, которые предоставят вам эти координаты. Я не могу рекомендовать вам ни того, ни другого; это решение вам принимать на основе анализов, которые вы делаете.
После того, как вы нашли некоторые координаты LOC или TOFC, которыми вы довольны, вы можете создать маску на их основе с помощью FSLView (введите fslview в терминале Linux, чтобы открыть его).
Прежде всего, откройте FSLView и откройте одно из стандартизированных изображений мозга. Вы можете ввести свои координаты TOFC или LOC (в пространстве MNI или Talairach — я бы рекомендовал MNI) в FSL, используя поля x, y и z в нижнем левом углу. Это переместит перекрестие поверх пикового вокселя. Затем нажмите файл - создать маску. Это позволит вам использовать панель инструментов, на этой панели инструментов вы увидите значок в виде карандаша. Используйте его, чтобы отметить воксель, на который указывает перекрестие, убедившись, что он соответствует вокселям, которые вы ввели ранее. Сделайте это отдельно для обоих сайтов
Затем вы можете сохранить это, у вас будет изображение, содержащее анатомическую маску, указывающую, где находятся LOC и TOFC. Если это неясно, попробуйте этот блог — исследователь фМРТ в моей лаборатории нашел его действительно полезным.
http://andysbrainblog.blogspot.co.uk/2012/11/creating-masks-in-fsl.html
Удачи!