Как происходит ро-зависимая терминация?

Rho-зависимое завершение до конца не изучено, но его краткое описание есть почти в каждой соответствующей книге.

В Snustard и Instant notes -Molecular Biology написано, что белок rho связывает участок из 72 нуклеотидов на 3'-конце зарождающейся РНК, который может быть участком узнавания, а затем перемещается в направлении 5' -> 3', разделяя гибрид ДНК-РНК.

Но как это возможно, привязываясь к 3' концу (который не свободен) и двигаясь в 5'-> 3' (тогда он обязательно отвалится!)?

Диаграмма Берга показывает нечто противоположное, т.е. она присоединилась к 5' концу и движется в направлении 5' -> 3'.

введите описание изображения здесь

Что правильно?

Ответы (2)

В двух описанных вами источниках нет дихотомии. В учебнике, на который вы ссылаетесь, точно сказано (выделено мной):

Ро, по-видимому, связывается с участком из 72 нуклеотидов рядом с 3'-концом зарождающейся РНК...

Не сказано на 3'-конце, что, очевидно, невозможно, поскольку 3'-конец образует двухцепочечный гибрид внутри транскрипционного пузыря. Rho также не загружается на 5'-конце РНК, а скорее связывается внутри с богатыми цитидином сайтами утилизации Rho (колеи), которые будут находиться где-то в 5' от фактической точки терминации транскрипции. Как вы упомянули, в этом процессе много неопределенности, и, хотя многое известно о сайтах колеи, насколько я могу судить, согласованной последовательности нет, что затрудняет систематическую идентификацию сайтов колеи по всему геному. Я нашел статьи, в которых идентифицируются участки колеи в 5'-UTR ( 1 ), а также в пределах 3'-UTR, межцистронных областях и кодирующих последовательностях ( 2 , 3 ,).

Механизм внутренней нагрузки Rho:

введите описание изображения здесь

Кословер Д.Дж., Фазал FM, Муни Р.А., Ландик Р., Блок С.М. 2012. Связывание и транслокация фактора терминации Rho, изученные на уровне одной молекулы. Дж. Мол Биол 423: 664-676

Ваша схема правильная. Белок Rho связывается на 5'-конце и «гоняется» за РНК-полимеразой. Белок Rho не может связываться на 3'-конце, так как он еще не транскрибируется РНК-полимеразой.

Можете ли вы добавить несколько ссылок в свой ответ?
Как происходит ро-зависимая терминация?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v