Я не знаю, было ли это подчеркнуто в недавних исследованиях, но в учебнике, который у меня есть, говорится, что «точный способ, которым последовательность промотора влияет на инициацию [транскрипции], неясен».
Мне интересно, может ли кто-нибудь предложить источники для получения дополнительной информации или, возможно, видел недавние исследовательские работы, в которых освещаются свойства, которые вызывают такие различия между сильными промоутерами и самыми слабыми?
Я пробовал исследовать, но более ранние исследования носят описательный, а не механистический характер, а используемые поисковые термины довольно вездесущи, поэтому трудно найти больше информации по этому конкретному вопросу.
Я согласен с тем, что трудно искать документы, но из выпускных курсов это часть дополнительного понимания, которое я получил. Контекст последовательности промоторов важен. Определенные последовательности ДНК (мотивы) могут действовать как сайты связывания для определенных факторов транскрипции, и комбинации этих факторов транскрипции помогают рекрутировать РНК pol II на промотор. Эти комбинации белков регулируются в пространстве и времени и помогут решить, будет ли активирован ген, расположенный рядом с промотором. Репортерный анализ люциферазы часто используется для определения силы промотора.
Пример следующий: сильный промотор может иметь определенные гистоновые метки, которые будут рекрутировать белки для ремоделирования хроматина, чтобы сделать его более доступным, обнажая сайты связывания факторов транскрипции, которые помогают рекрутировать РНК Pol II. Более слабый промотор может иметь меньше сайтов связывания факторов транскрипции или меньшую доступность хроматина, и поэтому РНК Pol II труднее рекрутировать. Есть также некоторые аспекты кинетики, которые вы должны иметь в виду.
Повторяя уже упомянутое: последовательность ДНК напрямую влияет на способность связывать сигма-факторы ( http://en.wikipedia.org/wiki/Sigma_factor ). Последовательность --> связывание --> как часто связываются сигмы и как долго они связываются --> инициация транскрипции