Я только начал свой курс геномики и работаю с домашними животными (коровами, курами, свиньями и т. д.), и я хотел бы знать, какая методология лучше всего подходит для отслеживания процесса одомашнивания с момента происхождения этих видов. Я думаю об использовании SNP определенного гена для определения точечных признаков, которые были отобраны, но также мне было предложено провести полный скрининговый анализ и определить все полиморфизмы, присутствующие в каждом варианте, и сравнить их с видами, давшими им происхождение.
Да, сегодня все используют SNP для такого анализа. Некоторые RADseq, вероятно, путь.
Обнаружение отбора - непростая задача, поскольку существует множество методов, которые различаются своими предположениями и применимостью. Вероятно, вам следует попытаться найти статьи, в которых был проведен такой же анализ с теми же типами данных, и в конечном итоге поговорить с авторами. Возможно, ваша лаборатория уже имеет опыт проведения такого анализа.
Какой тест для выявления геномных сигнатур селекции? может помочь, но предлагаемые алгоритмы в основном предназначены для анализа внутривидовой изменчивости. Такие процедуры, как тест Макдональда-Крейтмана, и другие более продвинутые методы обнаружения отбора по филогении (например, OUWIE, если у вас есть фенотипические признаки) могут представлять интерес. Вы также можете просто использовать некоторые ранговые тесты, если у вас много независимых событий приручения. Точная методология, которую вы в конечном итоге будете использовать, во многом зависит от ваших данных (например, сколько независимых событий одомашнивания у вас есть, есть ли у вас фенотипические черты, ...).
сравнить их с видами, давшими им начало
У вас действительно есть образец предка? Большую часть времени люди просто считают неодомашненного потомком неодомашненного общего предка. Не делайте ошибку, рассматривая существующую родословную, как если бы она была потомком. Эта существующая родословная тоже эволюционировала!