Что такое pQTL и зачем нам нужен eQTL?

eQTL — это геномные локусы, которые вносят вклад в изменение уровней экспрессии мРНК (википедия).

Есть данные, которые показывают, что примерно в 60% случаев количество мРНК в клетке прямо пропорционально уровню белка, кодируемого этой мРНК. [1]

Это означает, что даже если количество мРНК велико, мы не можем быть уверены, что количество белка также велико. Зачем нам все еще нужен eQTL, если мы не можем получить изобилие белка из транскриптов мРНК? В конце концов, обилие белка влияет на болезнь, а не обилие транскрипта.

Реализует ли pQTL идею связи между генетической изменчивостью и обилием белка? Я не понимаю, как генетическая изменчивость может влиять на уровень белка. Я предполагаю, что это связано с посттранскрипционной модификацией, но как?

Существует регуляция на уровне белка, то есть посттрансляционная модификация, аутофагия, стабильность белка и т. д. Простое знание общего количества белка не говорит вам всего. Знание eQTL помогает понять, насколько вариации в количестве белка могут быть связаны с путем транскрипции.

Ответы (1)

Генетическая изменчивость может влиять на уровень белка; рассмотреть вариант, который уменьшает количество транскрибируемой мРНК, это может оказать сильное влияние на количество мРНК, доступной для трансляции в белок.

Рассмотрим другой вариант, который не влияет на количество транскрибируемых мРНК, но изменяет одну из многих важных последовательностей, необходимых для трансляции (сайты связывания кофакторов, сайты связывания рибосом, стартовый сайт и т. д.).

Это лишь пара примеров, которые первыми пришли в голову, но их гораздо больше. Например, вариант может увеличивать экспрессию конкретной микроРНК, которая, в свою очередь, ингибирует трансляцию другой молекулы мРНК. Я не включил никаких ссылок, так как это скорее логическое упражнение - несомненно, существует гораздо больше способов, которыми генетический вариант может влиять на содержание белка.

Учитывая ваши первые два примера и цитату из Researchgate о том, что в 60% случаев количество мРНК прямо пропорционально уровню белка, кодируемого этой мРНК, я до сих пор не понимаю, почему eQTL так важны в этих двух случаях, как мы не можем вывести количество белка из количества транскрипта.
Количества белка и мРНК коррелируют, если не прямо пропорциональны. Я понимаю, о чем вы говорите, что изменения в количестве мРНК не обязательно приравниваются к изменению содержания белка, но мне кажется вполне логичным, что если SNP либо изменяет последовательность мРНК, либо изменяет содержание мРНК, SNP может влиять на количество белка - это, конечно, будет отличаться в каждом случае, и pQTL, которые были задокументированы, предположительно изменяют конечный белок (либо по форме, либо по количеству), в противном случае они не были бы зарегистрированы как pQTL.
Что такое pQTL и зачем нам нужен eQTL?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v