Какое программное обеспечение используется научными журналами для построения графиков?

Не могу говорить за Nature, но вот несколько рабочих процессов, о которых я знаю:

• Воссоздайте диаграмму с помощью инструмента диаграммы Illustrator . Тяжелая работа и разочарование, потому что Adobe не обновляла инструмент для создания диаграмм с бронзового века, но это неплохое вложение времени, если требуется множество очень похожих диаграмм, основанных на похожем стиле. Он способен на большее, чем кажется.
• Используйте Illustrator, чтобы стилизовать диаграмму, вставленную из Excel или что-то еще, что использовали исследователи — большинство статистических пакетов могут экспортировать как .epsили .svg— затем стилизуйте векторы и измените текст, чтобы он соответствовал стилю дома. (учтите, что удаление обтравочных масок, поставляемых с диаграммами Excel, иногда приводит к небольшому смещению линий и точек данных).
• Обведите диаграмму — вставьте ее как изображение и перерисуйте по линиям, затем настройте в Illustrator. Мне никогда не приходилось этого делать, но я слышал, что это обычное неизбежное зло в академических публикациях.
• Используйте инструмент построения диаграмм/макетов на основе кода, например LaTeX или R, с плагином ggplot2 . Я мало что знаю об этом подходе, но он популярен среди людей с аналитическим, а не визуальным складом ума, способен давать профессионально выглядящие результаты, если вы терпеливы, и результаты очень стабильны, поскольку он настраивает шаблон на основе кода. Вот статья с некоторыми примерами, использующими этот подход. Стиль ваших R-диаграмм, таких как Economist, Tableau ... или XKCD.
• Создайте веб-диаграмму в чем-то вроде D3, затем извлеките вывод SVG из веб-браузера, затем откройте его в Illustrator и завершите его для печати там. The New York Times иногда делает это, я обсуждал это и как получить точные цвета CMYK в этом другом вопросе .
• Используйте специальный инструмент построения графиков/визуализации . Популярным вариантом является Tableau , который может создавать очень профессионально выглядящие диаграммы, а также некоторые довольно сложные данные. Однако это дорого, если только все ваши данные не находятся в свободном доступе, и в этом случае вы можете использовать Tableau Public , которая бесплатна. Довольно много научных публикаций используют Tableau (не могу придумать названия). WEAVE — это альтернатива с открытым исходным кодом, но далеко не такая красивая (не уверен, что она выводит, но если это SVG, то Illustrator может его редактировать), немного больше об этом здесь .

Matlab и Mathematica — широко используемые инструменты анализа, которые выводят 2D- и 3D-графики.

Вот некоторые рассуждения , показывающие, что эти инструменты действительно являются дуополией .

Не слишком сложно, чтобы сделать это в Adobe Illustrator (хотя это может быть попытка --- я нахожу использование FreeHand намного быстрее и эффективнее --- элегантно).

Можно использовать такие инструменты, как Asymptote, Tikz, METAPOST и т. д., или их можно создать с помощью MatLab или других инструментов компьютерной алгебры/графики.

Я был частью университетской команды по улучшению участков других исследователей. Наша команда в основном использовала Matlab и Illustrator. До определенного момента Matlab лучше или эффективнее отображает основные элементы на графике, включая добавление меток осей, отметок осей, линий данных и точек данных. После некоторого улучшения сюжета Illustrator работает лучше, когда дело доходит до изменения характеристик элементов сюжета.

Я считаю, что команда в Nature (если таковая имеется) будет выполнять аналогичные процессы.

Используйте ханпуку

Я только что открыл для себя Hanpuku, лучшее в своем классе решение для работы с визуализацией данных. Я не думаю, что есть что-то лучше, чем эта замечательная программа!

Обзор ханпуку

Старый ответ

Я хотел бы описать рабочий процесс с использованием этой опции, упомянутой пользователем 568458:

• Создайте веб-диаграмму в чем-то вроде D3, затем извлеките вывод SVG из веб-браузера, затем откройте его в Illustrator и завершите его для печати там. The New York Times иногда делает это, я обсуждал это и как получить точные цвета CMYK в этом другом вопросе .

Я отказался от инструмента бронзового века Illustrator для создания диаграмм ответов на опросы (в основном гистограммы/столбцы, круговые диаграммы и линейные графики). Illustrator не мог справиться с исправлениями, небольшими изменениями или обновлением данных — любая модификация портила макет. Я также не мог указать ключевые параметры, которые должны были оставаться постоянными во всем наборе диаграмм (высота столбца, размер шрифта, максимальная высота).

Посетите JSGraphs.com , там сравнивается множество графических фреймворков JavaScript, и вы можете выбрать наиболее подходящий для своего проекта.

Я также использовал python livereload для живого кода (на самом деле, автоматическое обновление при сохранении). Так дело пойдет быстрее! Перейдите в папку проекта в командной строке/терминале и просто введите livereload. Все файлы проекта теперь обслуживаются, и к ним можно получить доступ по URL-адресам, таким как http://localhost:35729/chart-01.html.

Требуется предварительное вложение времени, чтобы изучить структуру построения диаграмм, ее особенности и ограничения, но как только ваши первые несколько диаграмм будут построены, вы можете использовать их в качестве шаблонов, иногда просто добавляя новые данные, ничего больше не меняя.

Моя структура будет принимать файлы CSV в качестве входных данных, которые я получил путем экспорта из файлов .xlsx. Добавление новых данных было выполнено путем изменения одной строки кода.url: 'resources/graph-02.csv'

Аналогичным образом можно управлять цветовыми темами с помощью файла JSON.

С этого момента и до доставки CMYK EPS большая часть рабочего процесса может быть автоматизирована.

В зависимости от фреймворка экспорт в SVG может быть таким же простым, как CtrlS. Если он встроен в разметку HTML как элемент SVG, вы можете экспортировать его в пакетном режиме с помощью Playfair.

justinmanley/playfair: создание диаграмм и графиков из командной строки с помощью d3 и PhantomJS. .

Изначально я просто использовал средства автоматизации пользовательского интерфейса, которые повторяли бы ввод-URL-сохранение-как-ввод-следующего-URL-сохранение-как-обезьянью работу для каждого файла в папке — AutoHotkey или WASP для PowerShell .

Для пакетного преобразования файлов SVG в файлы CMYK EPS я выполнил действие в Illustrator.