Координаты аминокислот в белковой последовательности

В формате PDB доступны координаты каждого из атомов. Координаты для аминокислот доступны отдельно? Как, скажем, белковая последовательность, состоящая из цепочки аминокислот MKL... Откуда взять координаты М и К и L по отдельности? Существует ли какой-либо метод, с помощью которого можно рассчитать координаты аминокислот? Мне не нужны координаты атомов, мне нужны абсолютные координаты каждой аминокислоты в белковой последовательности в целом...

Это зависит от того, для чего вы их хотите. Вы можете взять среднее значение всех атомистических координат каждого остатка, вы можете взять координаты только углерода в CR. Непонятно, что вы просите. Вы ищете разумный метод, доступный инструмент или в более широком смысле задаетесь вопросом, что концептуально составляет центр аминокислоты?
Каждый атом аннотирован в PDB-файле с точки зрения того, к какой аминокислоте он принадлежит — это то, что вас интересует? Было бы полезно, если бы вы уточнили свой вопрос, так как я думаю, что в данный момент мы пытаемся угадать, что вы на самом деле хотите знать.
@ Герхард, теперь вопрос ясен?
Вы говорите, что вам нужна трехмерная структура отдельной аминокислоты? Я так предполагаю, поскольку вы приняли соответствующий ответ.
Как непонятен этот вопрос? Для меня совершенно ясно, что ей нужна «точка вращения» или «происхождение» каждой отдельной аминокислоты в цепи (скорее всего, вместе с ее ориентацией в пространстве), как если бы аминокислота была отдельной молекулой в целом, не разделены на отдельные атомы.

Ответы (2)

Если вам нужны структурные координаты отдельных аминокислот, кристаллизованных индивидуально (т.е. рассматриваемых как малые молекулы независимо от какой-либо роли в белках), то вы должны найти их вместе с другими малыми молекулами в Кембриджской структурной базе данных .

Другой способ решения этой проблемы состоит в том, чтобы сосредоточиться на среднем атоме углерода между H2N- с одной стороны и -COO с другой стороны, который образует пептидные связи с соседними аминокислотами. К этому среднему углероду присоединена остальная часть молекулы аминокислоты, и он определенно находится в цепи, поэтому вы можете использовать центр этого атома в качестве «точки вращения» для всей аминокислоты; возможно, даже вычислить его ориентацию в пространстве относительно цепочки, глядя на связи, соединяющие этот атом с его соседями. Это был бы мой ответ, если бы вопрос не был заблокирован ;q

Возможно, не имеет большого смысла рассматривать одну аминокислоту как индикатор положения всей аминокислоты, поскольку разные аминокислоты сильно различаются по размеру. Для нечувствительных приложений, таких как построение скелета белка, вы можете использовать альфа-углерод. Если важны боковые цепи, вы можете использовать так называемый последний тяжелый атом ( что такое последний тяжелый атом аминокислоты? ).

Координаты аминокислот в белковой последовательности
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v