В чем разница между базами данных HPRD и BIOGRID?

Короткий ответ

Короче говоря, есть два основных отличия:

• Диапазон видов: BioGRID объединяет данные о взаимодействии белок-белок (PPI) нескольких видов, тогда как HPRD фокусируется в основном на данных человека .

• Функциональность: у HPRD есть несколько инструментов с графическим интерфейсом, которые могут напрямую взаимодействовать с базой данных (например, BLAST — для поиска белков и их партнеров по связыванию посредством выравнивания последовательностей), тогда как BioGRID — это в основном просто база данных.

Длинный ответ

Жирным шрифтом выделены уникальные особенности каждой базы данных.

О HPRD:

Справочная база данных белков человека представляет собой централизованную платформу для визуального отображения и интеграции информации, относящейся к архитектуре домена, посттрансляционным модификациям, сетям взаимодействия и связи заболеваний для каждого белка в протеоме человека . Вся информация в HPRD была вручную извлечена из литературы опытными биологами, которые читают, интерпретируют и анализируют опубликованные данные. HPRD был создан с использованием объектно-ориентированной базы данных в Zope, сервере веб-приложений с открытым исходным кодом, который обеспечивает универсальность функций запросов и позволяет динамически отображать данные.

Часто задаваемые вопросы HPRD: Почему вы решили разработать еще одну базу данных вместо того, чтобы интегрировать другие существующие базы данных?» Мы считаем, что биологические базы данных все еще находятся на ранней стадии своего развития, и никакая база данных белков не может считаться установленным стандартом. Мы считаем, что разнообразие баз данных пытаясь решать проблемы различными способами, предоставить биологам возможность выбора того, что им больше всего нравится.Наш подход радикально отличается от существующих баз данных, и мы хотим предложить биологам возможность выбора вместо того, чтобы навязывать одну базу данных по умолчанию.Кроме того,большинство баз данных автоматизировано, а наша проверяется вручную , чтобы избежать ошибок.Мы также пытаемся предоставить информацию, которую предоставляют немногие другие базы данных .

О Биосетке:

Общий биологический репозиторий наборов данных о взаимодействиях (BioGRID) — это общедоступная база данных, которая архивирует и распространяет данные о генетических и белковых взаимодействиях модельных организмов и людей (thebiogrid.org). В настоящее время BioGRID хранит более 720 000 взаимодействий , отобранных как из высокопроизводительных наборов данных , так и из отдельных целенаправленных исследований , основанных на более чем 41 000 публикаций в первичной литературе. Полный охват всей литературы поддерживается для почкующихся дрожжей (S. cerevisiae) , делящихся дрожжей (S. pombe) и кресс -салата (A. thaliana)., и предпринимаются усилия по расширению курирования нескольких видов многоклеточных животных. Текущие инициативы по курированию сосредоточены на конкретных областях биологии, чтобы обеспечить понимание законсервированных сетей и путей , имеющих отношение к здоровью человека . Веб-интерфейс BioGRID 3.2 содержит новые функции поиска и отображения, которые позволяют выполнять быстрые запросы по различным типам данных и источникам. BioGRID предоставляет данные о взаимодействии с несколькими базами данных модельных организмов, такими ресурсами, как Entrez-Gene, SGD, TAIR, FlyBase и другими метабазами взаимодействий. Вся коллекция данных BioGRID 3.2 может быть загружена в нескольких форматах файлов, включая PSI MI XML, совместимый с IMEx.Для разработчиков взаимодействие с BioGRID также доступно через веб-службу на основе REST и плагин Cytoscape. Вся документация по BioGRID доступна онлайн на BioGRID Wiki.