У меня есть быстрые последовательности вирусного белка, который претерпел мутацию в 2008 году, и этот мутант улучшил свою приспособленность по сравнению с диким штаммом (согласно литературе). Я хочу смоделировать, были ли мои последовательности представлены в 2009 году (у меня есть последовательности от 2009 и 2010) или раньше, чтобы мутировать и смоделировать следующие последовательности, чтобы проверить, действительно ли популяция мутантов становится большинством. Как я могу это сделать? Мой вирус представляет собой РНК -ss. Любой инструмент для использования, который я могу представить это графически? Или упрощение. Я хочу смоделировать прошлые и будущие последовательности моего набора данных.
Судя по описанию интересующей вас модели, численное моделирование вам, скорее всего, не нужно. Простого аналитического ожидания может быть достаточно. Но в любом случае, если вы хотите выполнить численное моделирование (возможно, вы не хотите предполагать панмиксию), у вас есть несколько вариантов.
Симулятор, который вам понадобится, должен уметь реализовывать выбор. Следовательно, он должен быть симулятором опережающего времени, а не объединяющим симулятором. Я лично испытал 4 различных симулятора опережающего времени; SimBit , SLiM , SFS_code и Nemo .
Если я не ошибаюсь, SFS_code не сможет имитировать гаплоидных особей и, вероятно, будет медленнее, чем SimBit и SLiM. В SimBit, SLiM и Nemo вы тоже не можете делать гаплоиды, однако вы можете установить коэффициент клонирования на 100%, что по сути будет таким же, как симуляция гаплоидов.
По моему опыту и вообще говоря, SLiM и SimBit быстрее, чем Nemo. Поскольку скорость мутаций у вас высока, а скорость рекомбинации будет очень низкой (вероятно, будет равна нулю), SimBit должен быть очень-очень быстрым, а SLiM относительно медленным. Кроме того, SimBit предложит гораздо более качественные результаты для интересующей вас статистики, чем SLiM.
Обратите внимание, что я являюсь автором SimBit, и поэтому у меня может возникнуть конфликт интересов. Вот ссылка на SimBit .