Могу ли я узнать, какая резистентность бактерий зависит от штамма? где мне искать эту информацию?

Например, у меня есть список штаммов различных организмов:

Escherichia coli - ATCC 25922, CGSC 6152, W3110RL.

Pseudomonas aeruginosa — ATCC 27853, PAO1, APAE1111.

Мне не удалось найти какую-либо информацию об устойчивости этих штаммов, например, какой штамм устойчив или восприимчив к какому антибиотику. Есть ли способ узнать?

Спасибо.

Существует множество официальных веб-сайтов, на которых хранится информация и коллекция микробных штаммов, здесь вы можете найти некоторые из них: ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4241729 .
@Dirigible Ответы должны быть в ответах, а не в комментариях.
@Dom, вы ищете базу данных генов устойчивости, переносимых этими штаммами, или вам нужна информация о минимальных ингибирующих концентрациях?
Начните с карточек продуктов ATCC (просто погуглите номер ATCC). У них есть много информации об обычном использовании, история штамма, ссылки, а иногда и информация о чувствительности к антибиотикам. Имейте в виду, что если он уже некоторое время работает в лаборатории, возможно, вы захотите перепроверить некоторые значения МИК, поскольку известно, что они меняются при серийном пассировании в бульонных культурах. Но это в основном, если вам нужны довольно точные значения.

Ответы (1)

Если поиск в базе данных и литературе не увенчался успехом, вы можете вставить инвентарные номера GenBank для ваших геномов в идентификатор гена резистентности CARD . Он принимает либо белковые, либо нуклеотидные последовательности, хотя и нуклеотидные последовательности. сначала пройти вызов ORF. Например, вставка NZ_CP009072.1 для E. coli ATCC 25922 дает 7 идеальных совпадений с известными генами устойчивости к антибиотикам. Конечно, перенос генетических детерминант резистентности отличается от фенотипической резистентности, но с этого стоит начать.

Могу ли я узнать, какая резистентность бактерий зависит от штамма? где мне искать эту информацию?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v