Поиск регулирующих элементов: как люди это делают?

Во-первых, я НЕ спрашиваю о том, как искать и сопоставлять нормативные элементы с помощью базы данных. Я спрашиваю о том, как люди находили, что искать и сопоставлять в геноме, как они создавали эти базы данных. Мой вопрос,

Как люди вообще идентифицировали регуляторные белки/нуклеотидные элементы?

Нашли ли они сначала белки, которые мы теперь называем факторами транскрипции и сигма-факторами, или они вмешались в геном, чтобы найти регуляторные части, а затем проследили их до белков?

Есть ли книга по истории исследования регуляции генов, которую можно порекомендовать?

Кроме того, я пробовал гуглить. Каждый сайт рекомендовал ту или иную базу данных. Я тоже был бы признателен, если бы вы могли сказать мне, что я должен был искать?

Меня больше интересуют прокариоты, но ответы на эукариоты также приветствуются.

Контекст: я новичок, занимаюсь исследованиями (да, опыт для меня просто сумасшедший), и мне интересно найти регуляторные элементы в Mycobacterium smegmatis и его фагах.

куда вы смотрели до сих пор? учебники? первичная литература? можно конкретику?
Это должно быть в той или иной степени освещено почти в любом учебнике по молекулярной биологии. Одна из прекрасных книг — «Генетический переключатель» Марка Пташне. Речь идет о регуляции фага лямбда, вируса, но многие принципы применимы и к прокариотам. В нем есть целая глава, посвященная подробному анализу экспериментов, использованных для идентификации факторов транскрипции и промоторов.
Это одна из вещей, которые я просматривал: ibiology.org/ibioeducation/exploring-biology/молекулярно-биология/… Но я много читал о методах и открытиях, без особых подробностей о том, что люди думали, когда они попробовал эти штуки.
@CharlesE.Grant Понял. Я это проверю.
@CharlesE.Grant В моей школьной библиотеке есть издание 1986 года, тогда как издание 2004 года мне нужно купить. Глава, о которой вы говорили, в старом издании?
@CedarRen. Ради всего святого, просто спустись в свою библиотеку и посмотри. Я был рад предложить рекомендацию, но теперь вы просите незнакомцев в Интернете сделать вашу работу за вас.
Если ваша конечная цель состоит в том, чтобы понять, как выполнять ваш проект, вы можете сосредоточиться на том, как такие исследования проводятся в настоящее время. Научные исследования в прежние времена были ограничены технологиями, доступными в то время.
Вот что одна группа считает уместной: biostars.org/p/10596/#10749 , кроме того, @WYSIWYG... ze, возможно, закончил свои исследования и, возможно, хотел бы внести свой вклад в технологию, связанную с zem: обсуждение.area51.stackexchange.com /пользователи
@CharlesE.Grant, я недавно заказал копию благодаря тебе. Это короткая книга, и пока очень интересная. Ваше здоровье.

Ответы (1)

Как видно из (более или менее недавнего) открытия, большинство регуляторов были обнаружены в ходе специально спланированного эксперимента для проявления одного конкретного фактора. Несколько примеров включают:

  • Открытие Sp1 , первого обнаруженного фактора транскрипции эукариот (как описано в видео, ссылка на которое приведена в комментариях)
  • Открытие оперона Lac у кишечной палочки .

Ни один из них не предназначался для скрининга регуляторных последовательностей в целом. Если вы ищете регуляторные последовательности определенного гена, метод репортерного гена в сочетании, например, со случайным скринингом мутагенеза может предоставить вам картирование регуляторных элементов.

Следующая статья может представлять интерес для проведения скрининга на основе УФ-мутагенеза: УФ-мутагенез в Escherichia coli K-12: выживаемость клеток и частота мутаций хромосомных генов lacZ, rpoB, ompF и ampA .

Если ваш вопрос более общий: «все регуляторные последовательности, связанные с одним геном», то на этот вопрос, как правило, нет ответа, и, вероятно, его лучше решить сначала с помощью биоинформатического анализа (например, предсказание промотора и т. Д.).

Вся эта история не остановила некоторых от попыток, не так ли? бит.лы/2lN7uKp
Поиск регулирующих элементов: как люди это делают?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v