Какие инструменты обычно используются для реконструкции цепей регуляции транскрипции, которые управляют разнообразными клеточными ответами, и какие наборы входных данных они принимают?
Вывод транскрипционных/регуляторных сетей из эмпирических данных является активной областью исследований, и, насколько мне известно, не так много зрелых инструментов для такого типа анализа. Я вижу в основном математиков, статистиков и инженеров, работающих над этой проблемой, вероятно, из-за того, что здесь задействована интенсивная количественная теория. Даже если зрелые инструменты и существуют, я сомневаюсь, что они приспособлены для типичного биолога — более вероятно, что они ориентированы на ученых с большим количеством количественных знаний.
При этом я знаю 2 или 3 части программного обеспечения, которые могут стать отправной точкой для любознательных или авантюристов: AIRnet (описано здесь ), iBioSim (описано докторской диссертацией Баркера, в настоящее время второе попадание в этот поиск Google ) и, возможно, Ingenuity Pathways Analysis (для которого требуется платная лицензия). Единственный из этих инструментов, который я даже пытался использовать, — это iBioSim, и в то время (примерно 2 года назад) это был очень неуклюжий процесс.
Я хотел бы добавить regulonDB , который не так интегрирован, но имеет огромную карту регулома кишечной палочки, которая была бы полезна для любой бактериальной модели.
Я согласен с @DanielStandage в том, что это не совсем понятно, и для такого рода данных даже не существует стандартных представлений.
Дэниел Стэндидж