Резервная копия WhatsApp сохраняется в iCloud Storage и iCloud Backup.

Удаление одного не влияет на другое, поскольку они представляют собой резервные копии разных типов.

• Резервная копия в iCloud Backup (первый снимок экрана) — это резервная копия содержимого контейнера приложения на вашем iPhone. Резервное копирование выполняется каждую ночь, когда выполняется резервное копирование в iCloud, или вручную при резервном копировании сейчас.

• «Резервная копия» в хранилище iCloud (второй снимок экрана) — это резервная копия, созданная WhatsApp с помощью «Настройки WhatsApp» → «Чаты» → «Резервная копия чата». Резервное копирование выполняется не чаще, чем через интервал, установленный в настройках WhatsApp, или вручную при резервном копировании сейчас.

Вам решать, какую резервную копию вы хотите сохранить. Лично я бы использовал собственный сервис резервного копирования WhatsApp с iCloud, а не iCloud Backup.

Возможно, вы захотите иметь в виду, что при резервном копировании WhatsApp с помощью второго варианта, как объяснил grg — способ хранения iCloud — тогда эти резервные копии запустят все ваши Mac с включенным iCloud Drive для синхронизации этих данных WhatsApp со скрытым файлом на macOS и влияет на объем памяти на этих устройствах, пропускную способность и, в случае ноутбуков, время автономной работы ( https://apple.stackexchange.com/a/237207/54388 ).