Я знаком с программным обеспечением Jmol , Rasmol и PyMoL и недавно познакомился с BioBlender . Однако я совершенно не знаю, способна ли какая-либо из этих (или других) программ загружать .pdb и разрешать изменение конкретной аминокислоты, чтобы в конечном итоге визуализировать изменение третичной структуры, вызванное этой заменой.
Существуют ли какие-либо программы, способные выполнить замену аминокислоты в молекуле, загруженной .pdb, и показать изменение третичной структуры?
Одно приложение, о котором я знаю, которое будет делать это, а также многое другое, — это Swiss-PDB Viewer, также известный как DeepView . Если вы перейдете на сайт и выберите «Руководство пользователя» на вкладках слева, вы увидите подраздел под названием «Мутации», а затем вы узнаете, что может делать приложение.
Визуализация изменений, вызванных аминокислотой в трехмерной структуре, является частью целой области исследований, называемой молекулярным моделированием ( http://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_modelling ). Существует огромное количество исследований, доступных по этому вопросу, и я больше не в курсе последних событий в этой области.
Раньше я моделировал оптимальную форму цепи AA (~10), которая была частью большей молекулы. Техника заключалась в использовании процедуры Монте-Карло для имитации нагревания и охлаждения молекулы миллионы раз и проверки стабильности полученной конформации с помощью . Я использовал Modeller, Procheck и Prosa. Это было в 2000 году.
Здесь есть википедический список программного обеспечения для моделирования молекулярной механики ( http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_software_for_atomic_mechanics_modeling )
Насколько я понимаю, чего вы пытаетесь достичь, как сказал Дэвид, это серьезная область изучения структурной биологии. Я начну с того, что замена одной аминокислоты практически не изменит структуру, но есть белки, в которых пара замен преобразует полностью альфа-спиральный белок в полностью бета-листовой, поэтому я оставлю это. вам судить, что стоит попробовать. Есть три пути, по которым вы можете пойти:
Во-первых, для небольших изменений пимол действительно имеет встроенное силовое поле («молекулярная скульптура») и остаточный мутагенез. У Chimera есть инструмент под названием «минимизация структуры», который, вероятно, лучше разработан. И VMD имеет плагин набора инструментов силового поля.
Если вы ожидаете больших изменений, вы можете использовать полный пакет моделирования, такой как NAMD или CHARMM. Чтобы запустить их, потребуются значительные усилия, но они есть.
Наконец, вы можете просто использовать сервер прогнозирования эмпирической структуры. Все, что вам нужно сделать, это открыть файл последовательности, внести в него свои замены, загрузить его на сервер и дождаться, пока они пришлют вам результаты по электронной почте. Они будут выполнять выравнивание последовательности, чтобы найти соответствующие файлы PDB и все такое. Я рекомендую сервер Robetta (под управлением Rosetta Дэвида Бейкера). http://robetta.bakerlab.org/
Бобтеджо
бэп