Что означает обозначение «d(...)2» при записи последовательности ДНК?

Когда последовательность олигонуклеотида ДНК записывается как d(CGCTAGCG)2, что означает символ d(...)2? Почему бы просто не написать как CGCTAGCG?

Я признаю, что эта последовательность является дополнением самой себя. Это то, на что указывает это обозначение?

Ответы (2)

Предполагая, что вы имели в виду это конкретное использование , d(CGCTAGCG)2изображение, предоставленное для кристаллической структуры, ясно показывает, что структура относится к тому факту, что две цепи дезоксирибонуклеотидных олигонуклеотидов были димеризованы друг с другом.

Если бы та же самая структура была образована двухцепочечной РНК, то полученная спираль дуплекса дцРНК была бы названаr(CGCTAGCG)2

введите описание изображения здесь

Насколько я понимаю, это dотносится к ДНК, а 2к двухцепочечной, правильно? Если я хочу сослаться на трехцепочечную ДНК , буду ли я использовать d(...)3и т. д.? (Последовательность, которую я опубликовал, на самом деле получена из исследования средних 8 пар оснований идентификатора PDB: 1DCV, но структура должна быть очень похожа на идентификатор PDB: 1G7Z, и это не должно влиять на ответ.)
@ stvn66 Если бы они были 3 независимыми молекулами, связанными водородными связями, конечно.
Можете ли вы указать на какую-либо ссылку, которая подтверждает ваше описание нотации? Это позволило бы мне более уверенно отметить это как принятый ответ.
@ stvn66 Я предполагаю, что это из-за стандартной химической номенклатуры димеризованных молекул, и я не думаю, что будет существовать источник, который говорит это конкретно для ДНК.
Читая эту статью , они ссылаются на «d(A)10-d(T)10». Это, по-видимому, указывает на последовательность ДНК «AAAAAAAAAA» и ее дополнение. Поэтому я не думаю, что «2» означает, что она двухцепочечная, но вместо этого молекула имеет 2 копии этой последовательности ДНК, поскольку она является комплементарной самой себе.

Говоря с автором этой публикации , они использовались d(...)для обозначения двухцепочечной последовательности и d(...)2для обозначения самодополняющей двухцепочечной последовательности.

Вместо этого в этой публикации используется номер нижнего индекса после круглой скобки для обозначения количества повторов в последовательности, например, d(AT)10был использован для представления последовательности двухцепочечной ДНК ATATATATATATATATATAT.

Что означает обозначение «d(...)2» при записи последовательности ДНК?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v