ферменты, стабилизирующие петли ДНК

В продолжение предыдущего вопроса я хотел бы знать, какие ферменты или белковые комплексы использовались для преобразования образцов ДНК в стабилизирующие петли ДНК.

Я читал, что когезин является одним из таких ферментов, но работает как фактор транскрипции, связывая определенные мотивы ДНК.

введите описание изображения здесь

Я заинтересован в том, чтобы узнать, какие другие ферменты будут создавать петли ДНК без смещения мотивов ДНК в результате выделения ДНК.

Это дополнительный вопрос к этому , так как, в конечном счете, я хотел бы знать, могут ли быть какие-либо способы оптимизации процесса циркуляризации ДНК очень длинных участков двухцепочечной ДНК человека (или млекопитающих), от нескольких килобаз до мегабаз, сначала создавая стабильные петли ДНК, которые оставляют два конца ДНК рядом для более эффективного процесса лигирования.

Любые идеи?

С особым вниманием к более эффективному лигированию (например, после расщепления рестрикционными ферментами) на рынке имеются коммерческие продукты, в которых используется модифицированная топоизомераза для катализа такого лигирования.

Ответы (1)

Я читал, что когезин является одним из таких ферментов, но работает как фактор транскрипции, связывая определенные мотивы ДНК.

Связывание Cohesin не зависит от мотива (подобно факторам транскрипции), а также является динамическим. Хотя последовательность может иметь значение, она, как и в случае с нуклеосомами, в основном представляет собой общую композицию, а не мотив, основанный на последовательности:

Из этой статьи :

Пики связывания когезина близко соответствуют пикам с высоким локальным составом АТ, периодичность основного состава ~15 т.п.н., которая отличается от периодичности ~50 т.п.н. изохор основного состава, что согласуется с осевой ассоциацией когезинов.

Комплексы ДНК-белок могут быть сшиты, и впоследствии петли могут быть растянуты. Однако это сложно. Вам нужно будет разрезать ДНК на концах петли, чтобы связать их вместе. Я не знаю, как это сделать (возможно, с помощью антитела, связанного с эндонуклеазой).

ферменты, стабилизирующие петли ДНК
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v