Недавно я наткнулся на вики-страницу Biological Dark Matter . В нем довольно мало деталей, но, похоже, это генетический материал, обнаруженный у людей, который не подпадает под существующие классификации.
Но что мы знаем об этом? Действительно ли это большой черный ящик, о котором мы ничего не знаем? В статье утверждается, что он может составлять 40% генетического материала в нашем кишечнике, и мне трудно поверить, что мы действительно ничего о нем не знаем.
На этот вопрос есть несколько ответов в зависимости от того, кого вы спрашиваете (имеется в виду, какова их область знаний).
Биологическая темная материя из рассматриваемой статьи в Википедии, по-видимому, означает последовательность из метагеномных образцов, которая не была отнесена ни к одной из наших общеизвестных областей жизни. Это может не обязательно означать, что он им не принадлежит. Иногда трудно решить, к чему относится небольшая частица информации о последовательности, потому что она не соответствует ничему из того, что мы знаем. Тем не менее, это может быть совершенно «нормальная» бактерия. Или это может быть результатом ошибок последовательности.
Кроме того, в зависимости от того, как вы назначаете таксономию последовательности, могут быть случаи, когда существует так много разных вариантов происхождения этой последовательности (потому что она очень консервативна во многих разных организмах, даже из разных областей жизни). , что этой последовательности не будет присвоена никакая таксономия. Не потому, что его нет, а потому, что мы не можем с уверенностью решить, что это такое. Некоторые люди также называют эту информацию «темной материей». Например, есть проект , специально предназначенный для изучения темной материи, которую мы можем (или, по крайней мере, по какой-то причине делаем) считать микробами, но не более конкретно.
По сути, любое решение о том, где разместить потенциальную последовательность темной материи, основано на наших предыдущих знаниях о сферах жизни и геномах всех этих организмов. Это знание очень неполно.
Мне жаль, что в этом ответе отсутствуют еще несколько хороших источников. Большая часть информации основана на моих знаниях как о человеке, работающем с наборами данных, которые могут включать «темную материю», если бы я это так назвал. (Я называю это «неназначенной последовательностью».) Сейчас у меня нет времени добавлять другие источники, но если нужно, я могу добавить их позже.
Изменить: в качестве быстрого дополнения после повторного прочтения вашего вопроса: какая часть последовательности не назначена, например, если бы кто-то изучил вашу кишку, во многом зависит от того, что на самом деле есть в вашей кишке, что мы знаем, насколько разнообразно сообщество в ваша интуиция, какая база данных используется для сравнения и сколько лет этой базе данных, как данные предварительно обрабатываются и анализируются и многое другое. Но да, в природе еще много геномной информации, которая не попала ни в одну базу данных.
Взгляните на эту статью: http://phys.org/news/2014-01-scientists-biological-dark.html
Это та самая «биологическая темная материя», о которой вы спрашиваете? Если это так, то это звучит как то, что раньше называлось «мусорной ДНК» или «некодирующей ДНК», как это называлось до тех пор, пока несколько лет назад ученые не обнаружили, что это на самом деле регуляторная ДНК, очень интересный материал, но в основном он регулирует экспрессию генов, поэтому он обычно находится в форме РНК, а не белка. Я надеюсь, что это ответ на ваш вопрос. Я настоятельно рекомендую вам провести некоторое исследование регуляторной ДНК, это очень интригует.
канадец