Я читаю Справочник по нейрохимии и молекулярной нейробиологии , изучаю молекулу клеточной адгезии NCAM2 и наткнулся на следующее:
Общая структура NCAM2 аналогична структуре NCAM. Таким образом, NCAM2 состоит из пяти Ig-модулей (предположительно С2-типа), за которыми следуют два Fn3-модуля. Белок существует в GPI-заякоренной изоформе и в трансмембранной изоформе, которая содержит трансмембранный сегмент из 20–25 аминокислот, за которым следует цитоплазматический хвост из 106–119 аминокислот (Alenius and Bohm, 1997; Yoshihara et al., 1997).
Известно, что NCAM2 расположен на клеточной мембране и имеет внеклеточный, трансмембранный и внутриклеточный домены. Однако для приведенного выше утверждения: белок существует в заякоренной GPI изоформе и в трансмембранной изоформе, которая содержит трансмембранный сегмент из 20–25 аминокислот, за которым следует цитоплазматический хвост из 106–119 аминокислот, является термином «трансмембранный сегмент». эквивалент трансмембранного домена? Далее, эквивалентен ли термин «цитоплазматический хвост» внутриклеточному домену? Любые идеи приветствуются.
Я признаю поражение в попытке найти раздел в тексте, на который вы ссылаетесь - если есть что-то, что Google не может сделать, так это поиск . Но такие вопросы лучше задавать в Uniprot , который дает довольно мало информации. Перейдя по этой ссылке, вы увидите, что они идентифицируют 21 аминокислоту трансмембранной топологии от 698 до 718, а затем цитоплазматический домен. Таким образом, цитоплазматический хвост является внутриклеточным доменом.
В каком-то смысле существует второй трансмембранный домен — сигнальный пептид с 1 по 19, — но поскольку он расщепляется, ему уделяется мало внимания. Внеклеточный домен начинается с 20 с N-концом вне клетки.
Цитируя Википедию, трансмембранный домен «обычно обозначает одну альфа-спираль белка». Вам, вероятно, следует прислушаться к ним по такому вопросу, потому что никто больше не зациклен на семантике (это своего рода голосование). С философской точки зрения вы можете представить себе, что несколько трансмембранных сегментов могут функционировать как функциональная единица, но каждый из этих сегментов будет отделен какой-либо областью внеклеточной или внутриклеточной последовательности от следующего. «Домен» в белке — это автономная единица в первичной последовательности , а не просто ряд спиралей, которые оказываются рядом друг с другом, так что это не сработает. И на самом деле, если вы посмотрите на документ GPCR, они говорят в стандартных терминах о семи трансмембранных доменах, даже анализируя, как они функционируют вместе.