Я читал статью в природе: Эпигеномика: дорожная карта регулирования и был сбит с толку определением и/или интерпретацией энхансеров.
Энхансеры активируются посредством взаимодействия с факторами транскрипции, которые распознают и связываются со специфическими последовательностями ДНК в области энхансера. Связанные факторы транскрипции привлекают корегуляторы, многие из которых откладывают или удаляют модификации гистонов. […] Энхансеры, которые активны в эпигеномных сигнатурах, специфичных для клеточного типа, обычно сильно обогащены последовательностями ДНК, с которыми связываются определяющие линию и зависимые от сигнала факторы транскрипции.
Насколько мне известно, энхансеры — это последовательности ДНК, с которыми связываются ТФ, а затем все, включая комплексы коактиваторов, связываются с базальными ТФ на промоторе.
Меня смущает последняя строка:
Энхансеры, которые активны в эпигеномных сигнатурах, специфичных для клеточного типа, обычно сильно обогащены последовательностями ДНК, с которыми связываются определяющие линию и зависимые от сигнала факторы транскрипции.
Они констатируют, что в последовательностях ДНК, с которыми связываются ТФ, активные энхансеры сильно обогащены. Для меня это звучит странно, потому что определение энхансеров гласит, что это последовательности ДНК, с которыми связываются ТФ. И, конечно же, энхансеры там обогащаются, потому что иначе их нельзя было бы назвать энхансерами. Что касается меня, то они пытаются сказать, что активные энхансеры (по определению, с ними связываются ТФ) сильно обогащены энхансерами, с которыми связываются ТФ.
Имеет ли это смысл или нет?
Вы объяснили, что такое энхансеры (канадцы тоже дают хорошее объяснение, но, на мой взгляд, не отвечают на вопрос).
Чтобы понять заявление авторов, вам сначала нужно знать, что:
Линейно-специфические и зависимые от сигнала факторы транскрипции представляют собой специфические классы факторов транскрипции. Это ТФ, которым для активации требуются внешние сигналы.
Все энхансеры не всегда доступны. Это зависит от эпигенетических меток и последующего связывания гистонов вокруг этих областей. Если, например, энхансер находится в области плотно упакованной ДНК (т.е. гетерохроматина), он не будет связываться ни с какими TF и, следовательно, не активен.
На мой взгляд, авторы пытались донести, что активные энхансеры сильно обогащены последовательностями ДНК, специфичными для сигнал-зависимых TF. Другими словами, идентичность клетки определяется комбинацией 1) эпигенетической регуляции экспрессии генов через а) определенный набор активных энхансеров и б) состояние хроматина генов в сочетании с 2) сигнал-зависимыми факторами транскрипции.
Таким образом, это означает, что клеточная идентичность описывается не только зависимыми от сигнала TF, но также и паттерном активного энхансера . И, следовательно, это означает, что можно было бы предсказать TF, необходимые для определения идентичности конкретной клетки, как указано в их следующем предложении:
Таким образом, определение репертуара активных энхансеров конкретной клетки обеспечивает мощное средство предсказания транскрипционных факторов, необходимых для идентичности этой клетки.
Надеюсь, это поможет.
Энхансер — это просто термин для регуляторной области, удаленной от гена, который содержит специфические сайты, где связываются факторы транскрипции. Так бывает, что один энхансер может содержать сайты связывания ДНК для нескольких факторов транскрипции.
Например, энхансер под названием TESCO, который регулирует ген под названием SOX9 (участвующий в определении пола), имеет сайты связывания для многих различных белков (подтвержденных или предполагаемых): SRY, SF1, SOX9, ESR1, FOXL2 и, вероятно, многих других, которые я не знаю. я не слышал. Это позволяет осуществлять сложную регуляцию SOX9 посредством белок-белковых взаимодействий.