Ядерные рецепторы могут влиять на транскрипцию далеко вверх или вниз по течению от их собственных сайтов связывания путем образования петель ДНК ( Rubina et al.; J Mol Bio 2004 ).
Я не уверен, как именно рецепторы сначала прикрепляются к ДНК (сначала димеры на каждом сайте или весь комплекс на одном сайте), но в любом случае им нужно будет прикрепиться к одному отвечающему элементу, затем зациклить ДНК и связать другой элемент ответа. Это кажется чем-то очевидным, но я не могу перестать задаваться вопросом: как рецепторы находят другой сайт?
Обычно я бы просто сказал: диффузия — это происходит случайно. Но я думаю, что такое изгибание ДНК потребует много энергии; слишком много, чтобы просто случайно тратить его, пытаясь найти другой сайт.
Вероятно, это не полный ответ, поскольку я не так много знаю об эукариотической транскрипции, но, возможно, я смогу начать ответ.
Во-первых, изгиб ДНК может зависеть от последовательности — двойная спираль не является прямой по своей природе . ДНК также довольно легко сгибается — большую часть времени она довольно легко скручивается вокруг гистонов, а у эукариот — сверхспирализованной в хроматин .
Однако в транскрипции есть белки, которые появляются и вызывают изгибы ДНК или даже плотные петли , так что комплекс инициации транскрипции (TIC) может активироваться факторами транскрипции (TF) выше по течению, когда ДНК переворачивается.
посмотрите, как это происходит в этом видео примерно в :40: http://www.youtube.com/watch?v=5MfSYnItYvg&feature=related
Я думаю, что в некоторых случаях могут быть другие белки, связанные выше по течению от TIC, чтобы усилить влияние различных TF. Я знаю, что в строго регулируемых генах (таких как гены развития у животных) регуляция транскрипции может быть невероятно сложной с множеством внутренней логики. Классический пример — ENDO16 морского ежа (см. второе изображение), перед которым находится множество сайтов связывания белка.
Мне сказали, что ДНК-связывающие белки находят свои места связывания быстрее, чем диффузия. Профессор сказала мне, что, по ее мнению, может существовать тенденция к диффузии ДНК по длине из-за ее заряда. У меня нет ссылки на это, но это может помочь ответить на ваш вопрос о том, как NR так быстро спариваются.
Джанпаоло Р.