гены сопоставляются с eQTL/pQTL

Из 192 генов-мишеней 79 сопоставляются со значительным eQTL или pQTL по крайней мере в одном диетическом состоянии.

это строка для статьи " Многослойное генетическое и омическое рассечение митохондриальной активности в эталонной популяции мышей "

Насколько мне известно, eQTL — это SNP (определенный генотип), влияющий на экспрессию генов. Как я могу сопоставить ген с eQTL? Ген представляет собой последовательность в эталонном геноме. Генотипы одного конкретного гена являются просто вариациями последовательности этого конкретного гена. Итак, сам по себе ген не может быть eQTL, им может быть конкретный генотип (с вариацией), верно?

Итак, как может быть возможно, что один ген (скажем, GENE22, местоположение: 10-100) картирован в eQTL (SNP в GENE22, местоположение: 12) в одном диетическом условии, но не картирован в eQTL в другом диетическом условии, если мы все еще говорите об одном и том же гене и том же местоположении eQTL? Итак, я не совсем уверен, что они имеют в виду или что они там нанесли на карту.

QTL представляет собой локус, в котором гены/маркеры коррелируют с некоторым фенотипом. Он может включать такие маркеры, как SNP, но сами по себе они не являются SNP. Ген может быть частью QTL, но сам QTL состоит из ряда маркеров!
«но они не являются SNP сами по себе». Есть исследования, в которых есть списки eQTL как SNP. «Ген может быть частью QTL, но сам QTL состоит из ряда производителей». Итак, вы хотите сказать, что у них был список eQTL и pQTL, и они просто смотрели, в каких генах они расположены, верно? Для меня это не имеет смысла, потому что они имеют в виду диетические условия, и если смотреть только на местоположение, то не должно быть различий в условиях, потому что местоположение всегда одно и то же.

Ответы (1)

Вы берете список SNP и список значений экспрессии генов и вставляете их во что-то вроде этого: http://www.bios.unc.edu/research/genomic_software/Matrix_eQTL/

Итак, как может быть возможно, что один ген (скажем, GENE22, местоположение: 10-100) картирован в eQTL (SNP в GENE22, местоположение: 12) в одном диетическом условии, но не картирован в eQTL в другом диетическом условии, если мы все еще говорите об одном и том же гене и том же местоположении eQTL? Итак, я не совсем уверен, что они имеют в виду или что они там нанесли на карту.

SNP связан с изменениями уровня экспрессии этого гена при одном диетическом условии, но тот же самый SNP не связан с изменениями уровня экспрессии при другом диетическом условии. Вполне возможно, что SNP никогда не появляется в образцах из других условий питания.

Я отредактировал свой вопрос.
Итак, правильно было бы сказать: «маркеры в 79 генах сопоставляются со значительным ...», верно?
Я не уверен, что формулировка имеет значение, я думаю, что-то вроде: «мы находим X значимых eQTL при тестировании генов Y и Z snps».
гены сопоставляются с eQTL/pQTL
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v