Я работаю над инструментом для вызова SNP у полиплоидных растений. Чтобы проверить мой метод, мне нужен список генов домашнего хозяйства, общих почти для всех растений. В моем случае эти гены должны быть в единственном экземпляре (т.е. у каждого гена HK не должно быть паралогов).
Вкратце мне нужен список генов, которые:
Любая помощь приветствуется.
Просто полет с пояса: подход с фильтром: если есть источник данных, в котором есть данные об экспрессии клеток в нескольких тканях для любого организма, я бы использовал его, чтобы найти гены домашнего хозяйства, отсортировав, какие гены экспрессируются в наибольшем количестве клеток ( думаю, Excel или XML). Затем я бы проверил, какие из этих генов также обнаружены/похожи на соответствующий ген (гомолог, как я его называю) в растениях (используя браузер генома, например, ensembl и blast, или просто смотрю его и нажимаю кнопку, чтобы вывести его). вас к геному растения). Если ваш модельный организм не имеет секвенированного генома... возьмите праймеры и посмотрите, сможете ли вы секвенировать его для себя, чтобы увидеть, есть ли он там. Затем проверьте, не единственная ли это копия. Самое сложное — найти базу данных экспрессомов, охватывающую несколько тканей организма, чтобы найти «домашние гены», а затем надеяться, что они сохранятся в растении. Кроме того, вы можете обратиться к литературе, чтобы найти гены домашнего хозяйства.
Возможно, вы просто хотели получить список генов... извините.
Следующий, вероятно, хороший набор, это для арабидопсиса, вам нужно проверить, соответствует ли он вашим потребностям.
Ген CBP20 Локус гена: At5g44200
Генный локус гена актина-2: At3g18780
Локус гена гена UBC: At5g25760
SIGMA продает наборы праймеров для них:
Для гена нет однозначного ответа. Самое правильное, что нужно сделать, это использовать набор генов во многих локусах и сначала измерить корреляцию числа копий между ними, а в качестве меры «одной копии» использовать только те, которые совместно сегрегируют как число единичных копий.
Это тот же подход, который используется для количественной ПЦР , и он лежит в основе широко используемого алгоритма geNorm (11 тыс. цитирований). В то время как в qRT-PCR «стабильность» экспрессии генов сравнивается между мРНК, которые имеют разную стехиометрию, в вашем случае вы просто еще больше ограничиваете, чтобы гены имели стабильную стехиометрию.
Если бы я разрабатывал это, я бы использовал тот же набор генов, которые являются «домашними хозяйствами», определенными в двух вышеприведенных публикациях, и избегал бы половых хромосом.
еще один "хомо сапиен"
СКМ